More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_1658 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
329 aa  664    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.53 
 
 
330 aa  307  2.0000000000000002e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  45.95 
 
 
350 aa  282  7.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  48.41 
 
 
325 aa  280  2e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  46.26 
 
 
349 aa  275  6e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.54 
 
 
326 aa  272  6e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  45.23 
 
 
326 aa  270  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  49.85 
 
 
330 aa  269  4e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.62 
 
 
318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.01 
 
 
330 aa  263  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.83 
 
 
327 aa  263  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.06 
 
 
436 aa  260  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  44.64 
 
 
346 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  43.52 
 
 
453 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  42.46 
 
 
501 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.99 
 
 
348 aa  257  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.64 
 
 
346 aa  255  9e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  42.59 
 
 
455 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  43.83 
 
 
469 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  44.55 
 
 
330 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  44.17 
 
 
468 aa  253  3e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  44.17 
 
 
468 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  44.35 
 
 
346 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.83 
 
 
354 aa  251  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  43.83 
 
 
457 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.94 
 
 
458 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.05 
 
 
368 aa  250  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  43.87 
 
 
446 aa  249  6e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  41.6 
 
 
364 aa  247  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  43.56 
 
 
471 aa  247  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  45.14 
 
 
324 aa  245  6e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  41.67 
 
 
444 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  43.41 
 
 
329 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  43.28 
 
 
330 aa  242  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  41.46 
 
 
412 aa  241  7.999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  41.23 
 
 
411 aa  240  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.36 
 
 
348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  40.31 
 
 
327 aa  238  6.999999999999999e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.9 
 
 
330 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  44.2 
 
 
405 aa  232  8.000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  42.61 
 
 
348 aa  223  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.69 
 
 
307 aa  199  7.999999999999999e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  41.06 
 
 
286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  36.56 
 
 
325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.2 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.58 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.81 
 
 
314 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  35.6 
 
 
346 aa  161  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  35.94 
 
 
322 aa  161  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  34.71 
 
 
339 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.55 
 
 
330 aa  159  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  36.86 
 
 
331 aa  159  7e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.74 
 
 
316 aa  157  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.31 
 
 
319 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  35.53 
 
 
370 aa  158  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.54 
 
 
328 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.31 
 
 
319 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.31 
 
 
319 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.31 
 
 
319 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.55 
 
 
315 aa  156  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.31 
 
 
319 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  33.65 
 
 
319 aa  156  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  33.65 
 
 
319 aa  156  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.65 
 
 
319 aa  156  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.65 
 
 
319 aa  156  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  33.65 
 
 
319 aa  156  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.65 
 
 
319 aa  156  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22770  pseudouridine synthase, RluA family  38.13 
 
 
318 aa  155  6e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.191328  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.65 
 
 
319 aa  155  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  34.18 
 
 
323 aa  154  1e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
319 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  34.95 
 
 
378 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  34.87 
 
 
315 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  45.58 
 
 
228 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.08 
 
 
315 aa  153  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  35.24 
 
 
313 aa  152  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  35.35 
 
 
339 aa  152  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.45 
 
 
318 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.56 
 
 
320 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.55 
 
 
326 aa  151  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  34.21 
 
 
320 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  42.61 
 
 
228 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  34.53 
 
 
313 aa  150  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  35.53 
 
 
334 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
318 aa  149  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  35.13 
 
 
399 aa  149  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.22 
 
 
318 aa  149  8e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  35.42 
 
 
353 aa  149  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  33.96 
 
 
339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0397  pseudouridine synthase, RluA family  33.76 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  42.73 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  32.39 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  32.57 
 
 
319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.21 
 
 
318 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.63 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  32.8 
 
 
364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.86 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  42.29 
 
 
239 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.45 
 
 
332 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>