More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2505 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
346 aa  713    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  96.82 
 
 
346 aa  692    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  96.53 
 
 
346 aa  690    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  69.77 
 
 
348 aa  468  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  63.79 
 
 
348 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  61.14 
 
 
354 aa  441  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  58.84 
 
 
348 aa  433  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  51.72 
 
 
330 aa  299  6e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  46.09 
 
 
349 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.55 
 
 
330 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  46.06 
 
 
350 aa  276  5e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.51 
 
 
330 aa  270  2e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  46.11 
 
 
469 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.24 
 
 
436 aa  267  2.9999999999999995e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  44.88 
 
 
412 aa  265  8.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  46.45 
 
 
325 aa  265  8.999999999999999e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  45.62 
 
 
468 aa  264  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  45.62 
 
 
468 aa  264  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  45.35 
 
 
457 aa  264  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  45.15 
 
 
455 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  45.45 
 
 
411 aa  263  4e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.94 
 
 
458 aa  262  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  45.32 
 
 
446 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.02 
 
 
326 aa  260  3e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  42.6 
 
 
501 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.15 
 
 
318 aa  256  4e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  44.71 
 
 
471 aa  256  4e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.44 
 
 
327 aa  256  6e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  41.58 
 
 
364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  43.94 
 
 
453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  42.48 
 
 
326 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  42.73 
 
 
444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.06 
 
 
368 aa  252  7e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  43.98 
 
 
324 aa  252  7e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  43.88 
 
 
329 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  41.94 
 
 
327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  43.75 
 
 
330 aa  242  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  42.73 
 
 
329 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.14 
 
 
330 aa  240  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  41.33 
 
 
330 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  43.85 
 
 
405 aa  238  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  36.78 
 
 
307 aa  205  1e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.42 
 
 
328 aa  182  5.0000000000000004e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  34.11 
 
 
329 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  34.11 
 
 
319 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  33.63 
 
 
329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  34.11 
 
 
329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  32.35 
 
 
319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  32.55 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.9 
 
 
308 aa  164  3e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.02 
 
 
307 aa  163  3e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.91 
 
 
315 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  30.84 
 
 
315 aa  161  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  32.84 
 
 
330 aa  159  6e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 
330 aa  159  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.58 
 
 
316 aa  159  8e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  32.93 
 
 
312 aa  158  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.13 
 
 
329 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.74 
 
 
315 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  33.23 
 
 
325 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.03 
 
 
329 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.03 
 
 
329 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.24 
 
 
318 aa  158  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  33.53 
 
 
319 aa  156  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 
318 aa  155  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.44 
 
 
315 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  32.23 
 
 
313 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.09 
 
 
314 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.24 
 
 
326 aa  154  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.2 
 
 
334 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.2 
 
 
347 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  33.24 
 
 
378 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.36 
 
 
315 aa  152  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  35.29 
 
 
322 aa  152  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.74 
 
 
318 aa  152  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  31.29 
 
 
312 aa  152  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.33 
 
 
320 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  32.25 
 
 
319 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  32.25 
 
 
319 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.25 
 
 
319 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.25 
 
 
319 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.03 
 
 
319 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.25 
 
 
319 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  32.16 
 
 
329 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.25 
 
 
319 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  32.25 
 
 
319 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.07 
 
 
319 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.07 
 
 
319 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.07 
 
 
319 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.07 
 
 
319 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.07 
 
 
319 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.74 
 
 
318 aa  149  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.43 
 
 
318 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  29.79 
 
 
339 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  33.23 
 
 
319 aa  149  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.95 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  32.41 
 
 
364 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  34.5 
 
 
334 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  33.13 
 
 
318 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  29.63 
 
 
313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>