More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0164 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 324 aa  647    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  60 
 
 		 325 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  50.78 
 
 		 330 aa  299  4e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  52.62 
 
 		 330 aa  298  8e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.32 
 
 		 327 aa  285  9e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.81 
 
 		 326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.08 
 
 		 318 aa  281  8.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  47.92 
 
 		 330 aa  281  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.39 
 
 		 348 aa  280  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  47.19 
 
 		 326 aa  280  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  44.83 
 
 		 327 aa  279  6e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  44.85 
 
 		 364 aa  276  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.98 
 
 		 458 aa  275  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  47.45 
 
 		 330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.95 
 
 		 330 aa  273  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  45.11 
 
 		 350 aa  274  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  45.06 
 
 		 349 aa  272  6e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  44.86 
 
 		 412 aa  271  8.000000000000001e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  45.54 
 
 		 501 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  45.37 
 
 		 455 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  44.72 
 
 		 411 aa  268  8.999999999999999e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  46.82 
 
 		 329 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  44.41 
 
 		 453 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  46.06 
 
 		 469 aa  264  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.28 
 
 		 346 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  45.26 
 
 		 457 aa  263  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  45.2 
 
 		 468 aa  264  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  45.82 
 
 		 446 aa  264  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  43.98 
 
 		 346 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  45.2 
 
 		 468 aa  263  3e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.9 
 
 		 354 aa  262  6.999999999999999e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  43.77 
 
 		 444 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.94 
 
 		 436 aa  261  8.999999999999999e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  43.98 
 
 		 346 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  44.58 
 
 		 471 aa  257  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  44.66 
 
 		 405 aa  256  3e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.17 
 
 		 368 aa  256  4e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.57 
 
 		 348 aa  249  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.9 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  45.14 
 
 		 329 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  43.67 
 
 		 348 aa  235  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.05 
 
 		 307 aa  203  4e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  46.52 
 
 		 286 aa  176  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  40.84 
 
 		 264 aa  175  8e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  49.12 
 
 		 224 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  48.5 
 
 		 239 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  46.52 
 
 		 228 aa  172  9e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  48.07 
 
 		 239 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  48.05 
 
 		 228 aa  169  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.51 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  48.29 
 
 		 249 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.22 
 
 		 316 aa  166  4e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  41.43 
 
 		 255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 333 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.09 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  36.25 
 
 		 346 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  36.27 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.92 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  35.95 
 
 		 318 aa  160  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.88 
 
 		 328 aa  159  7e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  34.69 
 
 		 330 aa  159  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 240 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 234 aa  158  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.43 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.54 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.55 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  34.47 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40 
 
 		 327 aa  156  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.92 
 
 		 315 aa  155  7e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.92 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  43.3 
 
 		 264 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  36.36 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.79 
 
 		 322 aa  152  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.83 
 
 		 338 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  34.65 
 
 		 329 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.2 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.48 
 
 		 307 aa  152  1e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  35.74 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.92 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.2 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  34.65 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 364 aa  151  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  35.4 
 
 		 362 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  34.32 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.5 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  35.5 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  32.82 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  34.32 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  34.27 
 
 		 318 aa  149  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.79 
 
 		 308 aa  150  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.53 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.11 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  37.62 
 
 		 331 aa  149  7e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  34.16 
 
 		 339 aa  149  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  37.3 
 
 		 344 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.88 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>