More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0315 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 
348 aa  699    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  71.14 
 
 
354 aa  508  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  64.66 
 
 
346 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  64.94 
 
 
346 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  63.79 
 
 
346 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  64 
 
 
348 aa  462  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  65.22 
 
 
348 aa  436  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  48.52 
 
 
468 aa  289  4e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  48.52 
 
 
468 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  48.52 
 
 
446 aa  286  4e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  47.61 
 
 
330 aa  286  5e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  47.7 
 
 
350 aa  285  8e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  47.43 
 
 
349 aa  285  8e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.75 
 
 
326 aa  281  2e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.2 
 
 
458 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.61 
 
 
330 aa  280  2e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  46.94 
 
 
469 aa  279  6e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  47.04 
 
 
471 aa  278  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  44.71 
 
 
326 aa  278  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.7 
 
 
330 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  46.57 
 
 
412 aa  276  4e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  47.06 
 
 
457 aa  276  5e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.22 
 
 
318 aa  276  6e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  47.9 
 
 
325 aa  275  8e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  43.36 
 
 
327 aa  272  5.000000000000001e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  45.74 
 
 
411 aa  273  5.000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  45.54 
 
 
329 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  45.1 
 
 
330 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  44.83 
 
 
455 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.06 
 
 
330 aa  269  5.9999999999999995e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  45.16 
 
 
501 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  45.13 
 
 
453 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  41.85 
 
 
364 aa  267  2e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  44.84 
 
 
444 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.28 
 
 
327 aa  267  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.66 
 
 
436 aa  266  2.9999999999999995e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  44.71 
 
 
330 aa  262  4.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.99 
 
 
368 aa  250  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  46.57 
 
 
324 aa  248  8e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  41.28 
 
 
329 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  42.42 
 
 
405 aa  237  2e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.37 
 
 
307 aa  211  2e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.76 
 
 
328 aa  177  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.12 
 
 
308 aa  172  5.999999999999999e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.11 
 
 
322 aa  169  9e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.14 
 
 
320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.33 
 
 
326 aa  166  4e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.66 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.14 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.12 
 
 
315 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  32.23 
 
 
315 aa  163  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  36.34 
 
 
318 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  34.99 
 
 
339 aa  160  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  34.71 
 
 
318 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  33.82 
 
 
319 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  33.82 
 
 
329 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  33.82 
 
 
329 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  34.59 
 
 
378 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  34.41 
 
 
313 aa  159  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.74 
 
 
315 aa  158  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.93 
 
 
332 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  35.12 
 
 
320 aa  159  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.12 
 
 
319 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  34.41 
 
 
329 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.42 
 
 
315 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  33.23 
 
 
330 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.63 
 
 
318 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.42 
 
 
329 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.42 
 
 
329 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.83 
 
 
319 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.83 
 
 
319 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  34.82 
 
 
370 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.83 
 
 
319 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.83 
 
 
319 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  33.83 
 
 
325 aa  156  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  35.33 
 
 
333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.23 
 
 
329 aa  155  8e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.44 
 
 
315 aa  155  1e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  32.73 
 
 
312 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  34.03 
 
 
319 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.84 
 
 
314 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.04 
 
 
330 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  34.43 
 
 
346 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  36.23 
 
 
333 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.24 
 
 
329 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  36.39 
 
 
322 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.03 
 
 
318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  32.65 
 
 
318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  34.52 
 
 
319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.53 
 
 
312 aa  153  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  32.74 
 
 
326 aa  153  5e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  35.93 
 
 
333 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  31.16 
 
 
339 aa  153  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0397  pseudouridine synthase, RluA family  34.11 
 
 
335 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  33.23 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  33.23 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.23 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.23 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.23 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  33.23 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>