More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2767 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 330 aa  661    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.8 
 
 		 330 aa  323  3e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  51.72 
 
 		 346 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  51.07 
 
 		 327 aa  314  9.999999999999999e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  50.76 
 
 		 330 aa  311  9e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  52.07 
 
 		 349 aa  311  1e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  51.29 
 
 		 346 aa  308  8e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  51.21 
 
 		 329 aa  308  8e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  51.29 
 
 		 346 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  49.54 
 
 		 326 aa  306  3e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.56 
 
 		 348 aa  306  3e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.24 
 
 		 326 aa  305  8.000000000000001e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.55 
 
 		 330 aa  304  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.84 
 
 		 318 aa  302  5.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  50.45 
 
 		 330 aa  299  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.23 
 
 		 354 aa  299  5e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  52.62 
 
 		 324 aa  298  6e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  51.89 
 
 		 446 aa  298  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  51.41 
 
 		 468 aa  296  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  50.63 
 
 		 471 aa  296  4e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  51.41 
 
 		 468 aa  296  4e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  51.72 
 
 		 325 aa  295  7e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  46.46 
 
 		 327 aa  295  8e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 		 469 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.61 
 
 		 348 aa  290  3e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  48.66 
 
 		 350 aa  288  9e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  49.69 
 
 		 457 aa  288  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.28 
 
 		 368 aa  288  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.43 
 
 		 458 aa  285  8e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.99 
 
 		 436 aa  284  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  49.2 
 
 		 405 aa  282  7.000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  48.84 
 
 		 348 aa  281  9e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  47.34 
 
 		 501 aa  281  9e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  46.86 
 
 		 453 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  46.54 
 
 		 455 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  47 
 
 		 411 aa  277  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  46.89 
 
 		 412 aa  276  4e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.26 
 
 		 330 aa  275  6e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  43.47 
 
 		 364 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  45.6 
 
 		 444 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  49.54 
 
 		 329 aa  269  4e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  38.76 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.65 
 
 		 308 aa  172  1e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.66 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  37.42 
 
 		 325 aa  162  9e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.17 
 
 		 315 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.9 
 
 		 328 aa  159  5e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  38.55 
 
 		 286 aa  159  8e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.86 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 234 aa  157  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 228 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  35.2 
 
 		 331 aa  155  8e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.37 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  36.18 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  40.44 
 
 		 264 aa  146  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 224 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.31 
 
 		 327 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  33.13 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.59 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.06 
 
 		 326 aa  144  3e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  31.83 
 
 		 364 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.21 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 249 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.99 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.95 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  34.07 
 
 		 320 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  29.78 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  40.89 
 
 		 239 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.03 
 
 		 322 aa  139  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0556  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.72 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 240 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 264 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  36.76 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  33.12 
 
 		 319 aa  137  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  32.56 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  34.54 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  35.08 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  34.54 
 
 		 333 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 255 aa  135  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  34.54 
 
 		 333 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  33.76 
 
 		 317 aa  135  8e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.44 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.39 
 
 		 333 aa  135  9e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  34.77 
 
 		 346 aa  135  9e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.55 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.55 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  32.7 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  39.56 
 
 		 239 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  33.55 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1873  pseudouridine synthase, RluA family  36.71 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0755786  normal  0.858498 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.71 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.654666  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  33.55 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  29.94 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.41 
 
 		 318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.44 
 
 		 324 aa  132  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.23 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  33 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  32.27 
 
 		 328 aa  132  9e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.75 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>