More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0213 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  100 
 
 		 240 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  74.12 
 
 		 264 aa  372  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  66.44 
 
 		 292 aa  368  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  65.66 
 
 		 298 aa  362  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  63 
 
 		 234 aa  295  5e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  61.5 
 
 		 234 aa  278  7e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  60.18 
 
 		 228 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  57.89 
 
 		 228 aa  264  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  62.33 
 
 		 249 aa  262  4e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  82.35 
 
 		 300 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  81.7 
 
 		 322 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  61.36 
 
 		 239 aa  258  7e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  55.02 
 
 		 255 aa  256  3e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  60.91 
 
 		 239 aa  255  5e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  60 
 
 		 224 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  83.57 
 
 		 295 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  51.85 
 
 		 264 aa  238  5.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  46.08 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  46.23 
 
 		 227 aa  171  7.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  44.29 
 
 		 250 aa  169  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  44.76 
 
 		 222 aa  168  8e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.25 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  50.3 
 
 		 224 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 324 aa  149  3e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.6 
 
 		 368 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  36.84 
 
 		 405 aa  139  4.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  38.66 
 
 		 325 aa  138  8.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.58 
 
 		 348 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  39.63 
 
 		 469 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  36.02 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  39.21 
 
 		 457 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  38.21 
 
 		 224 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  43 
 
 		 329 aa  130  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.82 
 
 		 436 aa  130  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.23 
 
 		 346 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  38.39 
 
 		 300 aa  129  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.94 
 
 		 307 aa  128  6e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  35.62 
 
 		 296 aa  128  8.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  33.85 
 
 		 346 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.44 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  33.85 
 
 		 346 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.72 
 
 		 348 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.12 
 
 		 326 aa  126  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  33.21 
 
 		 350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  32.95 
 
 		 349 aa  126  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.24 
 
 		 307 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  37.97 
 
 		 318 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.91 
 
 		 327 aa  126  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.12 
 
 		 318 aa  126  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  35.38 
 
 		 297 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  35.38 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  37.13 
 
 		 323 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.5 
 
 		 458 aa  125  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.66 
 
 		 330 aa  125  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  35.78 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.62 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  36.73 
 
 		 455 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.78 
 
 		 307 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.08 
 
 		 330 aa  125  8.000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  40.22 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  36.44 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.44 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  36 
 
 		 364 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.9 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  39.58 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  36.49 
 
 		 412 aa  123  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  38.02 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.55 
 
 		 354 aa  123  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  39.58 
 
 		 302 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  37.13 
 
 		 323 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  34.86 
 
 		 307 aa  122  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.86 
 
 		 307 aa  122  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  38.12 
 
 		 330 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.96 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.86 
 
 		 307 aa  122  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  36.73 
 
 		 453 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.38 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  36.94 
 
 		 411 aa  122  7e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  43.86 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.32 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  38 
 
 		 315 aa  121  8e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.38 
 
 		 308 aa  121  8e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  33.59 
 
 		 468 aa  121  9e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  36.16 
 
 		 446 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.1 
 
 		 306 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  37.77 
 
 		 218 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  36.02 
 
 		 350 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  36.28 
 
 		 501 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  33.59 
 
 		 468 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  38.3 
 
 		 217 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.67 
 
 		 330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  34.98 
 
 		 471 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 327 aa  119  3e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  35.53 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.63 
 
 		 296 aa  119  3e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  35.16 
 
 		 348 aa  119  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.63 
 
 		 326 aa  119  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>