More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2722 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  100 
 
 		 239 aa  476  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  96.23 
 
 		 239 aa  461  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  90.34 
 
 		 249 aa  430  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  76.96 
 
 		 224 aa  328  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  76.15 
 
 		 228 aa  327  8e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  78.7 
 
 		 228 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  63.72 
 
 		 234 aa  264  7e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  56.28 
 
 		 264 aa  256  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  60.91 
 
 		 240 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  59.13 
 
 		 264 aa  249  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  58.74 
 
 		 234 aa  248  6e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  57.01 
 
 		 255 aa  241  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  48.57 
 
 		 292 aa  230  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  47.85 
 
 		 250 aa  175  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  64.49 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  63.5 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  48.62 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  60 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.95 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  63.16 
 
 		 300 aa  164  9e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  47.37 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  48.07 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  45.28 
 
 		 222 aa  157  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  50.29 
 
 		 224 aa  154  8e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  43.5 
 
 		 405 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  42.45 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  42.29 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.82 
 
 		 368 aa  144  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  37.33 
 
 		 307 aa  141  7e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.66 
 
 		 346 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.74 
 
 		 436 aa  132  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.9 
 
 		 348 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.47 
 
 		 330 aa  132  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 346 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.3 
 
 		 318 aa  131  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.3 
 
 		 326 aa  131  7.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 		 346 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  42.51 
 
 		 560 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  36.65 
 
 		 349 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.73 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  35.97 
 
 		 350 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.53 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 326 aa  129  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 318 aa  129  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 330 aa  129  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.35 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.35 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.77 
 
 		 307 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  35.77 
 
 		 327 aa  128  9.000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  41.07 
 
 		 286 aa  128  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 		 307 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.84 
 
 		 307 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  33.94 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  34.39 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  38.97 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.94 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.94 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  40.89 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.39 
 
 		 307 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  37.99 
 
 		 457 aa  126  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  38.94 
 
 		 330 aa  125  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  35.77 
 
 		 412 aa  125  6e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  37.61 
 
 		 302 aa  125  8.000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  37.28 
 
 		 469 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  36.91 
 
 		 446 aa  124  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.7 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.92 
 
 		 327 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  38.5 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 468 aa  123  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.51 
 
 		 308 aa  123  2e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  36.48 
 
 		 468 aa  123  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 		 307 aa  123  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.929825  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 471 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  41.98 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.19 
 
 		 303 aa  122  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  36 
 
 		 364 aa  122  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  38.05 
 
 		 329 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  41.98 
 
 		 302 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.02 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.98 
 
 		 348 aa  121  8e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.78 
 
 		 322 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  36.53 
 
 		 313 aa  120  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.5 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  33.99 
 
 		 346 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  36.62 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.02 
 
 		 354 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  42.93 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  35.37 
 
 		 411 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.39 
 
 		 330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  38.36 
 
 		 453 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  37.73 
 
 		 501 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  28.4 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  41.98 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  38.21 
 
 		 548 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  38.36 
 
 		 455 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>