More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1043 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  100 
 
 
227 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  66.51 
 
 
250 aa  299  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  61.26 
 
 
222 aa  266  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  50.7 
 
 
224 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  46.23 
 
 
240 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  47.34 
 
 
249 aa  165  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  46.64 
 
 
228 aa  164  9e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  47.37 
 
 
239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  47.37 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  44.81 
 
 
234 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  47.87 
 
 
228 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  44.14 
 
 
234 aa  161  8.000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  45.37 
 
 
264 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  43.19 
 
 
255 aa  158  7e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  50.59 
 
 
224 aa  151  8e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  38.66 
 
 
264 aa  144  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  34.2 
 
 
292 aa  128  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.7 
 
 
368 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  44.23 
 
 
227 aa  125  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  37.61 
 
 
560 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  35.62 
 
 
313 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.14 
 
 
316 aa  123  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  36.74 
 
 
224 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  34.09 
 
 
306 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  47.41 
 
 
322 aa  121  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  48.51 
 
 
298 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  38.33 
 
 
325 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  46.67 
 
 
300 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  36.84 
 
 
405 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.7 
 
 
324 aa  118  7e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  34.08 
 
 
318 aa  117  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 
318 aa  117  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  35.71 
 
 
306 aa  116  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  35.71 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.44 
 
 
301 aa  116  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.22 
 
 
322 aa  116  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.62 
 
 
224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.16 
 
 
302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.83 
 
 
321 aa  115  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.04 
 
 
332 aa  114  7.999999999999999e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  41.35 
 
 
541 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  34.8 
 
 
306 aa  114  8.999999999999998e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.69 
 
 
311 aa  114  8.999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.48 
 
 
307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.38 
 
 
302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  37.38 
 
 
302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.38 
 
 
302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.38 
 
 
302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  39.2 
 
 
302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.38 
 
 
302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.29 
 
 
436 aa  114  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.38 
 
 
302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  45.8 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  38.66 
 
 
324 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.62 
 
 
305 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  36.32 
 
 
299 aa  113  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  37.08 
 
 
376 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  38.69 
 
 
311 aa  113  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  37.56 
 
 
323 aa  112  3e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  37.83 
 
 
329 aa  112  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.05 
 
 
318 aa  113  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.92 
 
 
302 aa  112  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  36.92 
 
 
302 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.64 
 
 
313 aa  112  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.3 
 
 
316 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  32.74 
 
 
300 aa  111  7.000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  34.5 
 
 
567 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.69 
 
 
312 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.5 
 
 
217 aa  110  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.9 
 
 
217 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.43 
 
 
308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.88 
 
 
333 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  35.35 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  38.5 
 
 
548 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.8 
 
 
303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  37.66 
 
 
315 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  42.86 
 
 
350 aa  109  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  42.29 
 
 
323 aa  109  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  39.38 
 
 
215 aa  109  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.99 
 
 
324 aa  109  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  36.45 
 
 
302 aa  109  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  34.2 
 
 
299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  32.27 
 
 
329 aa  109  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  37.45 
 
 
318 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.29 
 
 
308 aa  109  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.57 
 
 
328 aa  109  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  34.72 
 
 
579 aa  108  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.59 
 
 
307 aa  108  6e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.29 
 
 
308 aa  108  6e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  42.29 
 
 
323 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  37.04 
 
 
324 aa  108  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  34.73 
 
 
327 aa  108  8.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  36.17 
 
 
217 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  36.16 
 
 
339 aa  108  8.000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  35.93 
 
 
469 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  33 
 
 
299 aa  108  8.000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  35.43 
 
 
311 aa  108  9.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  35.06 
 
 
318 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  34.91 
 
 
326 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  35.78 
 
 
364 aa  107  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>