More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0401 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  100 
 
 
292 aa  593  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  73.97 
 
 
264 aa  427  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  63.75 
 
 
295 aa  377  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  66.44 
 
 
240 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  64.82 
 
 
298 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  64.95 
 
 
300 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  59.94 
 
 
322 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  52.96 
 
 
234 aa  271  7e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  50.35 
 
 
234 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  48.77 
 
 
228 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  47.39 
 
 
228 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  49.45 
 
 
249 aa  236  4e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  48.21 
 
 
239 aa  231  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  48.57 
 
 
239 aa  230  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  44.22 
 
 
255 aa  227  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  47.84 
 
 
224 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  42.86 
 
 
264 aa  202  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  37.55 
 
 
227 aa  149  4e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  33.22 
 
 
324 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.79 
 
 
224 aa  134  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  37.05 
 
 
224 aa  129  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  34.2 
 
 
227 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  33.57 
 
 
250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  33.09 
 
 
222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  31.91 
 
 
325 aa  123  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  30.82 
 
 
405 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 
346 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.75 
 
 
346 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  31.85 
 
 
350 aa  116  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  29.7 
 
 
349 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  32.4 
 
 
346 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.07 
 
 
368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  32.41 
 
 
348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.77 
 
 
354 aa  112  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.88 
 
 
348 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  33.57 
 
 
330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  31.4 
 
 
323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.86 
 
 
330 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  31.06 
 
 
323 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.38 
 
 
327 aa  108  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  31.06 
 
 
318 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  30 
 
 
457 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  30.07 
 
 
350 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  31.51 
 
 
326 aa  106  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  30.71 
 
 
469 aa  105  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  27.14 
 
 
307 aa  105  1e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  32.68 
 
 
329 aa  104  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.16 
 
 
326 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.16 
 
 
318 aa  103  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  31.6 
 
 
330 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.11 
 
 
436 aa  102  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.8 
 
 
308 aa  102  6e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.8 
 
 
308 aa  102  7e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.06 
 
 
300 aa  101  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  29.63 
 
 
412 aa  101  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  30.25 
 
 
329 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  29.23 
 
 
468 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.45 
 
 
322 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  30.93 
 
 
455 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  29.31 
 
 
411 aa  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.4 
 
 
329 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  29.89 
 
 
319 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.8 
 
 
330 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.51 
 
 
315 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  30.86 
 
 
224 aa  100  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  29.23 
 
 
468 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  29.89 
 
 
329 aa  99.8  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  30.18 
 
 
446 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  29.89 
 
 
329 aa  99.8  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  31 
 
 
329 aa  99.8  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.4 
 
 
329 aa  99.4  7e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.4 
 
 
329 aa  99.4  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
329 aa  99  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  33.08 
 
 
330 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.16 
 
 
327 aa  98.2  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  29.8 
 
 
315 aa  98.2  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.48 
 
 
328 aa  98.2  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  30.98 
 
 
339 aa  97.4  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.52 
 
 
339 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  30 
 
 
453 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  29.67 
 
 
330 aa  98.2  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  28.12 
 
 
327 aa  97.4  2e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  32.94 
 
 
318 aa  97.4  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.06 
 
 
302 aa  97.8  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  31.52 
 
 
339 aa  97.1  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  28.32 
 
 
471 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  30.53 
 
 
300 aa  96.7  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  32.26 
 
 
256 aa  96.7  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  31.16 
 
 
339 aa  95.9  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  30.59 
 
 
297 aa  95.9  8e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.29 
 
 
300 aa  95.5  8e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  28.93 
 
 
501 aa  95.5  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.04 
 
 
314 aa  94.7  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  28.73 
 
 
329 aa  95.1  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.66 
 
 
330 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  30.14 
 
 
297 aa  94.7  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.34 
 
 
303 aa  94.4  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.29 
 
 
296 aa  94.7  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  28.99 
 
 
296 aa  94.7  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  30.16 
 
 
319 aa  93.6  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>