More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_0565 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 306 aa  625  1e-178  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  60.56 
 
 		 295 aa  336  3.9999999999999995e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  54.95 
 
 		 295 aa  321  8e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  54.17 
 
 		 297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  53.82 
 
 		 297 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  52.92 
 
 		 296 aa  310  2e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  52.23 
 
 		 296 aa  301  1e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  40.59 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.43 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  39.85 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.9 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  40.22 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  32.98 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  35.82 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1209  pseudouridine synthase, RluA family  34.83 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  33.9 
 
 		 305 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.76 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  34.11 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.71 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.06 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  33.1 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 541 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  34.89 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  31.37 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2950  RluA family pseudouridine synthase  31.1 
 
 		 310 aa  132  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  33.78 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 344 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  33.9 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0004  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000105413 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1435  RNA pseudouridine synthase family protein  33.58 
 
 		 252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.540473  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  31.19 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.45 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.23 
 
 		 332 aa  129  6e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  33.12 
 
 		 325 aa  129  7.000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  34.18 
 
 		 309 aa  129  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  33.1 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  35.31 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  32.76 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.45 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  32.99 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.97 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  30.57 
 
 		 578 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.66 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  32.98 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.66 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.86 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.56 
 
 		 331 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.3 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.31 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  36.45 
 
 		 327 aa  125  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  34.13 
 
 		 315 aa  126  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  31.77 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.19 
 
 		 322 aa  125  8.000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 255 aa  125  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.56 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2207  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41699  normal  0.754235 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  31.33 
 
 		 376 aa  125  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.82 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  31.87 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  35.65 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  31.87 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  33.45 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  35.66 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.32 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  29.55 
 
 		 346 aa  123  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  32.09 
 
 		 344 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  30.07 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  34.38 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  29.67 
 
 		 304 aa  123  5e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  34.87 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  35.31 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  31.54 
 
 		 308 aa  122  6e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  31.72 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  31.65 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  34.8 
 
 		 337 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  30.3 
 
 		 313 aa  122  7e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  31.78 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  32.33 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  30.97 
 
 		 329 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.7 
 
 		 436 aa  122  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0509  P-protein  31.9 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  29.59 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  31.82 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  31.76 
 
 		 344 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.41 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.27 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  32.1 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  31.01 
 
 		 320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  31.99 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  32.55 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.94 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  36.24 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  28.48 
 
 		 347 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  31.99 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  31.17 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>