More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0311 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  100 
 
 
234 aa  474  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  72.2 
 
 
234 aa  322  3e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  61.5 
 
 
240 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  59.09 
 
 
264 aa  270  1e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  61.57 
 
 
249 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  50.35 
 
 
292 aa  251  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  58.3 
 
 
239 aa  250  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  58.74 
 
 
239 aa  248  6e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  58.04 
 
 
228 aa  246  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  57.85 
 
 
228 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  58.26 
 
 
224 aa  239  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  55.56 
 
 
255 aa  238  5e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  50 
 
 
264 aa  221  7e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  44.56 
 
 
298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  63.09 
 
 
295 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  63.64 
 
 
322 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  64.29 
 
 
300 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  43.87 
 
 
250 aa  167  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  44.81 
 
 
227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  41.48 
 
 
227 aa  160  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  42.45 
 
 
222 aa  159  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  48.84 
 
 
224 aa  152  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.85 
 
 
224 aa  149  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.67 
 
 
305 aa  137  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  36.48 
 
 
405 aa  137  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  41.81 
 
 
324 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  34 
 
 
325 aa  128  6e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  37.82 
 
 
329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  34.36 
 
 
306 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  39.91 
 
 
298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.65 
 
 
339 aa  125  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  35.65 
 
 
306 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  35.65 
 
 
339 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  36.09 
 
 
339 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.62 
 
 
300 aa  124  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  38.1 
 
 
325 aa  124  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.91 
 
 
300 aa  123  2e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35.56 
 
 
311 aa  123  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.31 
 
 
320 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.27 
 
 
436 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.89 
 
 
368 aa  122  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  35.47 
 
 
318 aa  122  7e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  34.39 
 
 
307 aa  121  8e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  35.66 
 
 
313 aa  121  9e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  39.15 
 
 
301 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  32.06 
 
 
293 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.76 
 
 
302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  36.99 
 
 
329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  36.48 
 
 
316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  38.21 
 
 
560 aa  120  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.75 
 
 
326 aa  119  3e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.19 
 
 
312 aa  119  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  34.67 
 
 
311 aa  119  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  32.9 
 
 
330 aa  119  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.47 
 
 
329 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  35.19 
 
 
339 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  34.47 
 
 
329 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  34.47 
 
 
329 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.75 
 
 
326 aa  119  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  34.47 
 
 
319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 
329 aa  118  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.59 
 
 
303 aa  118  7.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.06 
 
 
315 aa  118  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.19 
 
 
324 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0018  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (rRNA-uridine isomerase D)  34.33 
 
 
326 aa  117  9.999999999999999e-26  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  36.15 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.89 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  38.66 
 
 
330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  38.21 
 
 
302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  31.76 
 
 
306 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.17 
 
 
308 aa  116  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  35.37 
 
 
313 aa  116  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 
293 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.63 
 
 
328 aa  116  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.28 
 
 
327 aa  116  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  34.53 
 
 
297 aa  116  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.88 
 
 
302 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  39.71 
 
 
215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.71 
 
 
215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  32.88 
 
 
302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.44 
 
 
319 aa  115  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  34.19 
 
 
313 aa  115  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31 
 
 
319 aa  115  6e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.65 
 
 
330 aa  115  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  34.84 
 
 
364 aa  115  6e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.82 
 
 
360 aa  115  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.56 
 
 
318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.22 
 
 
316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  32.35 
 
 
318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  37.61 
 
 
326 aa  115  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.93 
 
 
306 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.88 
 
 
302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.32 
 
 
314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31 
 
 
319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.68 
 
 
219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.6 
 
 
313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  32.74 
 
 
296 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>