More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2588 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 325 aa  662    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.05 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  39.01 
 
 		 331 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 311 aa  206  4e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  36.66 
 
 		 306 aa  206  6e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.44 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  37.25 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.71 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  35.87 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 313 aa  203  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  34.39 
 
 		 302 aa  202  7e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.06 
 
 		 334 aa  202  8e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  40.21 
 
 		 319 aa  202  8e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.06 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  39.09 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  37.83 
 
 		 326 aa  198  7.999999999999999e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  38.77 
 
 		 309 aa  198  9e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.39 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.39 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  34.39 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  34.39 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  38.48 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.39 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  36.27 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.39 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  39.09 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 		 320 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  37.75 
 
 		 315 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  34.26 
 
 		 313 aa  196  6e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.39 
 
 		 302 aa  196  6e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.54 
 
 		 302 aa  196  6e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.08 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  35.83 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.71 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.14 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  39.35 
 
 		 315 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.31 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  33.22 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  35.18 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  37.38 
 
 		 313 aa  189  8e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  37.27 
 
 		 343 aa  189  8e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  35.91 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.75 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  36.98 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  36.79 
 
 		 342 aa  187  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  35.14 
 
 		 345 aa  185  9e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.33 
 
 		 319 aa  185  9e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.78 
 
 		 350 aa  185  9e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.54 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  36.33 
 
 		 352 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.09 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  34.95 
 
 		 352 aa  184  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.41 
 
 		 356 aa  185  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  38.46 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  35.06 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  37.3 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  34.38 
 
 		 354 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  37.79 
 
 		 323 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  38.19 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  32.91 
 
 		 323 aa  182  8.000000000000001e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.34 
 
 		 323 aa  182  8.000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  37.35 
 
 		 377 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  34.8 
 
 		 363 aa  181  1e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  34.67 
 
 		 326 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  34.18 
 
 		 347 aa  181  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.37 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  36.49 
 
 		 319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  37.11 
 
 		 316 aa  180  4e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 325 aa  179  4.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.34 
 
 		 323 aa  179  5.999999999999999e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  35.69 
 
 		 352 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  38.36 
 
 		 324 aa  179  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  34.41 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  34.41 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  36.49 
 
 		 319 aa  179  8e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.97 
 
 		 343 aa  179  8e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  34.49 
 
 		 346 aa  179  8e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.18 
 
 		 296 aa  179  8e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.41 
 
 		 296 aa  178  9e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.13 
 
 		 324 aa  178  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  35.81 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  35.51 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  30.72 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  37.42 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.1 
 
 		 312 aa  176  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  32.59 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  37.42 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  35.74 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  38.44 
 
 		 329 aa  176  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.17 
 
 		 403 aa  176  6e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  35.49 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  35.76 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  34.81 
 
 		 325 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  34.17 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  36.01 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  36.16 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>