More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2639 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  100 
 
 
299 aa  597  1e-170  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2207  pseudouridine synthase  79.6 
 
 
309 aa  474  1e-133  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41699  normal  0.754235 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1169  pseudouridine synthase  46.07 
 
 
312 aa  236  5.0000000000000005e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000063461  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0004  pseudouridine synthase  48.86 
 
 
307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000105413 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1926  pseudouridine synthase  42.54 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000261611  hitchhiker  0.00324235 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  39.24 
 
 
301 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27488  predicted protein  35.79 
 
 
318 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  38.54 
 
 
302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  35.82 
 
 
306 aa  139  7e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  35.86 
 
 
301 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  37.63 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  38.35 
 
 
298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  32.88 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.82 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  34.19 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32 
 
 
306 aa  125  6e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  37.93 
 
 
341 aa  124  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.81 
 
 
436 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  28.99 
 
 
311 aa  124  3e-27  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  35 
 
 
296 aa  122  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  31.11 
 
 
314 aa  119  7e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  35.2 
 
 
322 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  37.55 
 
 
346 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  33.91 
 
 
295 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  31.12 
 
 
471 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  34.8 
 
 
469 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  33.82 
 
 
320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.17 
 
 
368 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3379  pseudouridine synthase, RluD  37.84 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  31.71 
 
 
446 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  34.36 
 
 
457 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.05 
 
 
327 aa  116  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.65 
 
 
296 aa  115  6e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 
468 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.48 
 
 
303 aa  115  8.999999999999998e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  31.71 
 
 
468 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  32.8 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  31.82 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  33.93 
 
 
295 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  35.15 
 
 
346 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  30.29 
 
 
304 aa  113  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  35.06 
 
 
331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  36.15 
 
 
405 aa  112  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.93 
 
 
354 aa  112  7.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.74 
 
 
290 aa  112  7.000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  34.76 
 
 
364 aa  112  8.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.4 
 
 
458 aa  112  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.2 
 
 
337 aa  112  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  36.33 
 
 
293 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  36.52 
 
 
309 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  35.29 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  30.88 
 
 
300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.73 
 
 
346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  36.49 
 
 
299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  34.18 
 
 
240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.05 
 
 
348 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  35.11 
 
 
302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  36.73 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  33.56 
 
 
319 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  33.56 
 
 
319 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.56 
 
 
319 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.56 
 
 
319 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.56 
 
 
319 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  34.73 
 
 
346 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  33.88 
 
 
334 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.56 
 
 
319 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  33.56 
 
 
319 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  33.7 
 
 
306 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.66 
 
 
303 aa  110  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  32.31 
 
 
306 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  32.31 
 
 
306 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.47 
 
 
356 aa  110  3e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  28.98 
 
 
352 aa  110  3e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  32.19 
 
 
304 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 
319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.32 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.12 
 
 
316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  35.19 
 
 
320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  33.93 
 
 
350 aa  109  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  31.35 
 
 
313 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  30.84 
 
 
330 aa  109  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  30.91 
 
 
298 aa  108  7.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  31.76 
 
 
299 aa  108  7.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.56 
 
 
319 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  34.84 
 
 
339 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  31 
 
 
356 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  34.75 
 
 
325 aa  108  9.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  29.14 
 
 
303 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  33.63 
 
 
364 aa  108  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.05 
 
 
307 aa  108  1e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 
326 aa  108  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 
297 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 
318 aa  108  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  34.44 
 
 
304 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.28 
 
 
339 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  35.95 
 
 
334 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.77 
 
 
314 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.22 
 
 
319 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.68 
 
 
477 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.22 
 
 
319 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>