More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1883 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  100 
 
 		 264 aa  523  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  60.27 
 
 		 224 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  59.38 
 
 		 249 aa  250  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  59.13 
 
 		 239 aa  249  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  58.7 
 
 		 239 aa  247  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  58.74 
 
 		 228 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  59.64 
 
 		 228 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  54.19 
 
 		 234 aa  238  5e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  51.85 
 
 		 240 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  50 
 
 		 234 aa  221  9e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  47.49 
 
 		 264 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  53.59 
 
 		 255 aa  205  6e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 292 aa  202  4e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  43.35 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  58.39 
 
 		 322 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  47.39 
 
 		 227 aa  168  8e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  56.29 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  45.37 
 
 		 227 aa  160  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  56.62 
 
 		 300 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  44.13 
 
 		 222 aa  156  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  44.6 
 
 		 250 aa  155  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.79 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.72 
 
 		 368 aa  152  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  40.89 
 
 		 457 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  41.3 
 
 		 471 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 469 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  40.71 
 
 		 405 aa  148  7e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 468 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  41.3 
 
 		 446 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  40.87 
 
 		 468 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 346 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  43.3 
 
 		 324 aa  147  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.57 
 
 		 458 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  39.74 
 
 		 412 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  37.56 
 
 		 307 aa  145  5e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  39.13 
 
 		 501 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  39.13 
 
 		 455 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  42.61 
 
 		 325 aa  143  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  39.13 
 
 		 453 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.11 
 
 		 348 aa  142  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  39.13 
 
 		 444 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.91 
 
 		 354 aa  142  7e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.52 
 
 		 326 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.52 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 364 aa  139  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.36 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.5 
 
 		 346 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  36.5 
 
 		 346 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  38.46 
 
 		 411 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  35.81 
 
 		 326 aa  139  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.66 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  36.09 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.5 
 
 		 300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.68 
 
 		 327 aa  135  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 329 aa  136  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.6 
 
 		 436 aa  135  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  44.77 
 
 		 224 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  40.89 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35 
 
 		 307 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  40.44 
 
 		 330 aa  133  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.95 
 
 		 330 aa  133  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  38.1 
 
 		 329 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  38.66 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  38.53 
 
 		 330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.99 
 
 		 348 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.17 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.6 
 
 		 330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  37.14 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  34.7 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  36.27 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  35.12 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  33.86 
 
 		 350 aa  123  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0018  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (rRNA-uridine isomerase D)  29.34 
 
 		 326 aa  123  2e-27  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.72 
 
 		 223 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  34.63 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  39.07 
 
 		 578 aa  123  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.44 
 
 		 316 aa  122  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.43 
 
 		 330 aa  122  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.74 
 
 		 318 aa  122  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  33.73 
 
 		 349 aa  122  6e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  38.81 
 
 		 217 aa  122  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.24 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  37.55 
 
 		 370 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  34.8 
 
 		 352 aa  120  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  36.1 
 
 		 341 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  36.14 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  38.28 
 
 		 223 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  36.9 
 
 		 319 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  35.27 
 
 		 363 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.75 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  34.73 
 
 		 313 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  29.31 
 
 		 305 aa  118  7.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 226 aa  118  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.82 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  37.8 
 
 		 223 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 347 aa  118  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  36.9 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>