More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cagg_0004 on replicon NC_011831
Organism: Chloroflexus aggregans DSM 9485



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011831  Cagg_0004  pseudouridine synthase  100 
 
 
307 aa  618  1e-176  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000105413 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2207  pseudouridine synthase  47.14 
 
 
309 aa  243  3e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41699  normal  0.754235 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  48.86 
 
 
299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1169  pseudouridine synthase  45.35 
 
 
312 aa  213  4.9999999999999996e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000063461  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  35.27 
 
 
306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  36.89 
 
 
315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.32 
 
 
301 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27488  predicted protein  33.84 
 
 
318 aa  125  6e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  35.31 
 
 
299 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  36.33 
 
 
298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  35.41 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  34.75 
 
 
302 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  30.35 
 
 
314 aa  119  7e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  35.47 
 
 
344 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.37 
 
 
348 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  32.23 
 
 
241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.23 
 
 
330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  36.02 
 
 
341 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.77 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  36.65 
 
 
327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  27.97 
 
 
302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  29.84 
 
 
305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  35.56 
 
 
526 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  29.26 
 
 
226 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  29.19 
 
 
352 aa  110  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  31.54 
 
 
319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.31 
 
 
316 aa  110  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  30.04 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  27.65 
 
 
302 aa  109  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  33.21 
 
 
308 aa  109  5e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.65 
 
 
302 aa  109  6e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  30.19 
 
 
306 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.65 
 
 
302 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  27.65 
 
 
302 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.65 
 
 
302 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.62 
 
 
290 aa  109  8.000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.65 
 
 
302 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  35.56 
 
 
309 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  30.57 
 
 
306 aa  107  2e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  33.6 
 
 
295 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  27.33 
 
 
302 aa  108  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  29.84 
 
 
298 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  32.16 
 
 
309 aa  107  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  31.3 
 
 
311 aa  107  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.15 
 
 
315 aa  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.76 
 
 
322 aa  106  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  30.87 
 
 
311 aa  106  5e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  31.47 
 
 
323 aa  106  5e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  36.26 
 
 
293 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  33.21 
 
 
309 aa  106  6e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.59 
 
 
306 aa  105  7e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.48 
 
 
353 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  33.86 
 
 
310 aa  105  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.83 
 
 
315 aa  105  9e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.75 
 
 
314 aa  105  9e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  29.59 
 
 
302 aa  105  9e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  35.94 
 
 
525 aa  105  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  29.21 
 
 
323 aa  105  1e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  29.75 
 
 
339 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  26.69 
 
 
356 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  28.62 
 
 
306 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  29.94 
 
 
318 aa  104  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  29.21 
 
 
302 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  32.77 
 
 
308 aa  103  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  32.71 
 
 
353 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0397  pseudouridine synthase, RluA family  33.61 
 
 
335 aa  103  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.33 
 
 
323 aa  103  3e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.21 
 
 
304 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  31.07 
 
 
320 aa  103  3e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 
347 aa  103  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.21 
 
 
304 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.21 
 
 
304 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  32.12 
 
 
344 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  32.12 
 
 
344 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.12 
 
 
308 aa  102  7e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  34.36 
 
 
278 aa  102  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  33.06 
 
 
339 aa  102  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.83 
 
 
307 aa  102  8e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.31 
 
 
320 aa  102  8e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  29.14 
 
 
302 aa  102  8e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  30.39 
 
 
310 aa  102  9e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  32.71 
 
 
219 aa  102  9e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  30.13 
 
 
310 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22770  pseudouridine synthase, RluA family  34.62 
 
 
318 aa  101  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.191328  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  34.85 
 
 
304 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.95 
 
 
316 aa  102  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  26.98 
 
 
300 aa  101  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.54 
 
 
296 aa  102  1e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  29.45 
 
 
547 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  32.17 
 
 
315 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.45 
 
 
294 aa  100  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.71 
 
 
296 aa  100  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  32.44 
 
 
303 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  32.06 
 
 
312 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  32.36 
 
 
319 aa  100  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.85 
 
 
320 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  33.78 
 
 
353 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  31.03 
 
 
308 aa  100  3e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  30.07 
 
 
318 aa  100  4e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  33.13 
 
 
345 aa  100  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>