More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1813 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 526 aa  1070    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  45.4 
 
 		 558 aa  403  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  45.57 
 
 		 541 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  44.6 
 
 		 578 aa  391  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  44.64 
 
 		 547 aa  388  1e-106  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  43.49 
 
 		 525 aa  366  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  43.87 
 
 		 323 aa  230  5e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.84 
 
 		 343 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  38.21 
 
 		 305 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  42.35 
 
 		 311 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  42.35 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 306 aa  211  3e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.48 
 
 		 312 aa  210  5e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  38.17 
 
 		 319 aa  209  8e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.37 
 
 		 332 aa  209  9e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40.27 
 
 		 306 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 305 aa  207  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  43.81 
 
 		 341 aa  203  6e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  41.53 
 
 		 320 aa  201  3e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.42 
 
 		 325 aa  200  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  41.02 
 
 		 334 aa  200  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  40.13 
 
 		 314 aa  200  5e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  37.79 
 
 		 329 aa  200  6e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  40.07 
 
 		 306 aa  199  7.999999999999999e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.74 
 
 		 325 aa  199  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 344 aa  199  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.41 
 
 		 326 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.31 
 
 		 324 aa  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  42.07 
 
 		 304 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.24 
 
 		 303 aa  197  3e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.43 
 
 		 308 aa  197  3e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  46.3 
 
 		 311 aa  197  4.0000000000000005e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.03 
 
 		 331 aa  196  6e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  38.98 
 
 		 305 aa  196  7e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.3 
 
 		 300 aa  196  7e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  41.2 
 
 		 327 aa  196  7e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 306 aa  196  8.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  43.1 
 
 		 315 aa  196  8.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.27 
 
 		 300 aa  196  9e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  36.89 
 
 		 318 aa  196  9e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.16 
 
 		 316 aa  196  9e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.48 
 
 		 302 aa  196  1e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  36.89 
 
 		 318 aa  195  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  39.86 
 
 		 310 aa  195  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  39.54 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  41.61 
 
 		 332 aa  195  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.65 
 
 		 326 aa  194  3e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.66 
 
 		 324 aa  194  3e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.99 
 
 		 324 aa  194  5e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 313 aa  192  9e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.27 
 
 		 306 aa  192  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  40.92 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.33 
 
 		 305 aa  191  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.93 
 
 		 318 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.18 
 
 		 313 aa  191  2.9999999999999997e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.66 
 
 		 321 aa  191  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.57 
 
 		 326 aa  191  4e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.38 
 
 		 321 aa  190  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  42.24 
 
 		 304 aa  190  5e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  38.7 
 
 		 300 aa  190  5e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  44.44 
 
 		 339 aa  190  5.999999999999999e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  36.73 
 
 		 304 aa  190  5.999999999999999e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.54 
 
 		 326 aa  189  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 326 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  36.21 
 
 		 326 aa  189  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  36.21 
 
 		 326 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.21 
 
 		 326 aa  189  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  39.34 
 
 		 318 aa  189  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.74 
 
 		 310 aa  189  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  37.78 
 
 		 313 aa  189  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.21 
 
 		 326 aa  189  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  40.82 
 
 		 302 aa  188  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.53 
 
 		 313 aa  188  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.21 
 
 		 326 aa  188  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.21 
 
 		 326 aa  187  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.21 
 
 		 326 aa  187  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  37.16 
 
 		 311 aa  187  4e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.66 
 
 		 333 aa  187  4e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.76 
 
 		 324 aa  187  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  41.84 
 
 		 356 aa  187  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  37.04 
 
 		 297 aa  187  6e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.33 
 
 		 332 aa  186  7e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  37.92 
 
 		 326 aa  186  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 352 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.67 
 
 		 323 aa  185  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  39 
 
 		 310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  40.58 
 
 		 322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  40.54 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.32 
 
 		 302 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.32 
 
 		 302 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 302 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39 
 
 		 319 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  38.11 
 
 		 340 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.89 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 329 aa  184  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.32 
 
 		 302 aa  184  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  39.32 
 
 		 302 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.07 
 
 		 302 aa  184  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.86 
 
 		 303 aa  184  3e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.32 
 
 		 302 aa  184  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>