More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1878 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  100 
 
 		 301 aa  610  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  38.38 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.38 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  37.46 
 
 		 326 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  37.16 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.89 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  39.13 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  34.27 
 
 		 306 aa  172  9e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.42 
 
 		 334 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.42 
 
 		 347 aa  170  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  33.78 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.02 
 
 		 303 aa  168  8e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  35.12 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.56 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  37.79 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  34.67 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  35.49 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  38.13 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  37.83 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  38.51 
 
 		 329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  31.66 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  36.54 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.45 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  40.78 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.93 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.92 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  39.27 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  35.35 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.33 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  31.55 
 
 		 356 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  32.99 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  34.31 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  37.67 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  36.39 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  35.35 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.77 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.45 
 
 		 356 aa  159  4e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.93 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  31.85 
 
 		 352 aa  159  6e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.2 
 
 		 324 aa  159  7e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  37.79 
 
 		 316 aa  159  7e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.54 
 
 		 318 aa  159  8e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  37.71 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  38.64 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  35.39 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  38.64 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  36.61 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.77 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 315 aa  155  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  34.11 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  35.81 
 
 		 352 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.24 
 
 		 322 aa  155  9e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  36.91 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.84 
 
 		 343 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  35.22 
 
 		 325 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  38.94 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  35.35 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.5 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  33.22 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  37.94 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  33.77 
 
 		 328 aa  153  4e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  32.67 
 
 		 311 aa  152  5e-36  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.61 
 
 		 339 aa  152  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.96 
 
 		 344 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  34.8 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  34.55 
 
 		 334 aa  152  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 329 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  38.46 
 
 		 578 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  36.91 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  37.94 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  37.94 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  35.28 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  36.6 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  38.41 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.49 
 
 		 349 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.17 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  35.4 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  35.49 
 
 		 349 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  35.95 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.29 
 
 		 332 aa  151  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.66 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  33.11 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  36.68 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  33.22 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  38.31 
 
 		 327 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.67 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.74 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  32.87 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.22 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.55 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  34.11 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.14 
 
 		 321 aa  149  7e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  34.24 
 
 		 323 aa  149  7e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.87 
 
 		 302 aa  149  8e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  32.87 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.8 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  32.9 
 
 		 346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.46 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>