More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2207 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2207  pseudouridine synthase  100 
 
 		 309 aa  613  9.999999999999999e-175  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41699  normal  0.754235 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  79.6 
 
 		 299 aa  474  1e-133  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0004  pseudouridine synthase  47.14 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000105413 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1169  pseudouridine synthase  46.44 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000063461  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1926  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000261611  hitchhiker  0.00324235 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  39.37 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  39.37 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.13 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  39.51 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27488  predicted protein  35.56 
 
 		 318 aa  139  4.999999999999999e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  39.58 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35.69 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  34.94 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  36.62 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  31.5 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  33.8 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  32.22 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 		 293 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 436 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  34.42 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.62 
 
 		 290 aa  116  5e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  34.88 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  31.67 
 
 		 457 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  31.88 
 
 		 469 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  32.75 
 
 		 446 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  32.87 
 
 		 471 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.57 
 
 		 331 aa  113  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.56 
 
 		 313 aa  112  5e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 468 aa  113  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  32.63 
 
 		 468 aa  113  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 368 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.92 
 
 		 327 aa  112  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  32.04 
 
 		 412 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  32.13 
 
 		 323 aa  112  7.000000000000001e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  32.36 
 
 		 318 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.21 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.52 
 
 		 458 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  35.09 
 
 		 501 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  35.84 
 
 		 364 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.09 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  34 
 
 		 346 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  29.52 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 241 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  35.68 
 
 		 325 aa  109  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.57 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  34.11 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  32.06 
 
 		 326 aa  109  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  33.05 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  29.82 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3379  pseudouridine synthase, RluD  36.27 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  31.08 
 
 		 314 aa  109  7.000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1893  pseudouridine synthase, RluA family  35.42 
 
 		 345 aa  109  7.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.07 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  31.18 
 
 		 327 aa  108  9.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  29.34 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  31.52 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  36.36 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  29 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  33.78 
 
 		 211 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  32.78 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  30.85 
 
 		 444 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.32 
 
 		 303 aa  108  2e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.47 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  33.68 
 
 		 541 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  36.93 
 
 		 547 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 241 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  37.67 
 
 		 264 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  33.78 
 
 		 211 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  31.91 
 
 		 325 aa  107  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.2 
 
 		 330 aa  106  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.33 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  30.07 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.23 
 
 		 339 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  37.23 
 
 		 339 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  32.87 
 
 		 345 aa  106  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.06 
 
 		 326 aa  106  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  34.19 
 
 		 350 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.8 
 
 		 346 aa  106  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  29.45 
 
 		 320 aa  106  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.27 
 
 		 353 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.4 
 
 		 318 aa  105  7e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  29.02 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  36.8 
 
 		 339 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  34.84 
 
 		 337 aa  105  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.82 
 
 		 316 aa  105  8e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 		 303 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  31.01 
 
 		 330 aa  105  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  28.67 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  30.5 
 
 		 313 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  34.82 
 
 		 405 aa  105  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  33.97 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.76 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  32.8 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  30.74 
 
 		 453 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  30.49 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  32.55 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  31.94 
 
 		 319 aa  104  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 		 455 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  31.36 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>