More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_1893 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_1893  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 345 aa  678    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  36.34 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  38.7 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  34.37 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  36.56 
 
 		 331 aa  157  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  36.39 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  36.06 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.62 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  37.78 
 
 		 327 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  37.78 
 
 		 331 aa  152  7e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0265  pseudouridine synthase, RluD  41.63 
 
 		 312 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.187566  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  36.51 
 
 		 329 aa  152  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  39.26 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  36.64 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  36.59 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0287  RluA family pseudouridine synthase  41.85 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.702234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.78 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.98 
 
 		 312 aa  150  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.96 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  33.96 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.78 
 
 		 347 aa  149  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0276  pseudouridine synthase, RluA family  41.25 
 
 		 312 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  34.91 
 
 		 318 aa  149  8e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  35.82 
 
 		 334 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  32.3 
 
 		 326 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.23 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  33.54 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  32.05 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  33.65 
 
 		 320 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 320 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  34.69 
 
 		 325 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  32.3 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  36.94 
 
 		 345 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  32.3 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.08 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  35.49 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.41 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  34.58 
 
 		 363 aa  146  5e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.4 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.96 
 
 		 321 aa  146  6e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  34.06 
 
 		 354 aa  145  8.000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.67 
 
 		 333 aa  145  8.000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  35.5 
 
 		 323 aa  145  8.000000000000001e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  34.91 
 
 		 310 aa  145  9e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 344 aa  145  9e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  36.48 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  31.52 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  34.35 
 
 		 426 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.71 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  33.23 
 
 		 326 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  32.71 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 325 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.62 
 
 		 343 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 325 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  36.09 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  32.7 
 
 		 326 aa  143  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  35.2 
 
 		 315 aa  142  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 351 aa  142  8e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  34.43 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.52 
 
 		 333 aa  142  8e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.47 
 
 		 322 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  31.86 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  35.07 
 
 		 360 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  32.42 
 
 		 396 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  34.22 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  36.34 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.5 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.02 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  36.39 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  35.07 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  35.07 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  31.99 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 403 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.28 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  32.21 
 
 		 327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  36.04 
 
 		 343 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  32.49 
 
 		 325 aa  139  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  32.19 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  33.23 
 
 		 311 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.78 
 
 		 402 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.9 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  36.09 
 
 		 351 aa  139  7e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.79 
 
 		 356 aa  139  7.999999999999999e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.05 
 
 		 327 aa  139  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  29.43 
 
 		 308 aa  139  8.999999999999999e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  31.68 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.11 
 
 		 400 aa  139  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  30.88 
 
 		 336 aa  138  1e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  30.89 
 
 		 347 aa  139  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41 
 
 		 353 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  29.05 
 
 		 306 aa  139  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  34.85 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  39.15 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  32.71 
 
 		 325 aa  138  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.21 
 
 		 318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.62 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  32.92 
 
 		 326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  32.92 
 
 		 326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0524542 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>