More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeh_0265 on replicon NC_007760
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007760  Adeh_0265  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 
312 aa  588  1e-167  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.187566  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0276  pseudouridine synthase, RluA family  95.51 
 
 
312 aa  544  1e-154  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0287  pseudouridine synthase, RluA family  96.15 
 
 
312 aa  522  1e-147  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.425665  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0287  RluA family pseudouridine synthase  82.05 
 
 
311 aa  451  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.702234  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.8 
 
 
300 aa  167  1e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  40.91 
 
 
310 aa  166  4e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.3 
 
 
316 aa  163  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  38.46 
 
 
302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1893  pseudouridine synthase, RluA family  39.8 
 
 
345 aa  161  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  41.86 
 
 
299 aa  162  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.07 
 
 
313 aa  160  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.72 
 
 
331 aa  159  6e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  38.27 
 
 
319 aa  156  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  37.38 
 
 
329 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.62 
 
 
300 aa  155  8e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  38.76 
 
 
315 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  40.91 
 
 
309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.68 
 
 
333 aa  150  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  37.66 
 
 
313 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.87 
 
 
334 aa  149  7e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  38.36 
 
 
315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.65 
 
 
319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  36.65 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  38.66 
 
 
314 aa  147  3e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  40.06 
 
 
313 aa  145  6e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  37.42 
 
 
327 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  35.1 
 
 
313 aa  144  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  31.99 
 
 
305 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  36.76 
 
 
331 aa  143  3e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 
305 aa  143  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  36.84 
 
 
323 aa  142  7e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.29 
 
 
320 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  37.67 
 
 
308 aa  142  8e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  35.67 
 
 
320 aa  142  8e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 
311 aa  142  9e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  34.87 
 
 
311 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.01 
 
 
306 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.99 
 
 
344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  36.14 
 
 
327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.76 
 
 
324 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.44 
 
 
296 aa  140  3e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  34.84 
 
 
320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  32.8 
 
 
352 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  39.79 
 
 
293 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  35.19 
 
 
320 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.37 
 
 
319 aa  139  6e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.11 
 
 
301 aa  138  8.999999999999999e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  37.08 
 
 
395 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.08 
 
 
395 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.08 
 
 
395 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  35.91 
 
 
318 aa  138  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  33.44 
 
 
323 aa  138  1e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  32.69 
 
 
320 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  37.08 
 
 
389 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  37.08 
 
 
389 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  37.08 
 
 
389 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  37.08 
 
 
389 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.69 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.03 
 
 
312 aa  136  4e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.45 
 
 
311 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  36.42 
 
 
376 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  36.43 
 
 
320 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  29.28 
 
 
321 aa  135  8e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  34.36 
 
 
405 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  34.36 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.01 
 
 
321 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.44 
 
 
306 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  29.43 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.72 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.14 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  34.54 
 
 
339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.34 
 
 
391 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  32.8 
 
 
352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34 
 
 
324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  31.44 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  34.67 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  32.48 
 
 
352 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  35.13 
 
 
339 aa  134  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.91 
 
 
313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.35 
 
 
438 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  34.5 
 
 
329 aa  133  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.9 
 
 
312 aa  132  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  35.05 
 
 
308 aa  132  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  29.62 
 
 
304 aa  132  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.55 
 
 
303 aa  132  6.999999999999999e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  34.04 
 
 
431 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  33.13 
 
 
319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.91 
 
 
325 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  35.33 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.33 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.42 
 
 
320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.92 
 
 
322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  32.23 
 
 
325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  32.8 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.49 
 
 
325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  31.63 
 
 
327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 
306 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.29 
 
 
325 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.78 
 
 
326 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.25 
 
 
312 aa  130  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>