More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2615 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
344 aa  696    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  78.72 
 
 
344 aa  558  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  64.69 
 
 
334 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.91 
 
 
339 aa  432  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  63.11 
 
 
356 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  65.63 
 
 
327 aa  411  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.89 
 
 
334 aa  411  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  64.2 
 
 
334 aa  413  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  62.07 
 
 
344 aa  394  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.23 
 
 
334 aa  310  2e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.4 
 
 
403 aa  281  9e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  53.42 
 
 
369 aa  279  4e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.17 
 
 
318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 
403 aa  268  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  50.47 
 
 
400 aa  262  8e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.48 
 
 
391 aa  261  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  46.4 
 
 
358 aa  258  9e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  44.96 
 
 
370 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.64 
 
 
395 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.64 
 
 
395 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  50.64 
 
 
389 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  50.64 
 
 
389 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
407 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  50.64 
 
 
389 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  50.32 
 
 
389 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  50.32 
 
 
395 aa  257  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
405 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  47.88 
 
 
370 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  50.16 
 
 
360 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.37 
 
 
438 aa  256  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  49.07 
 
 
402 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  49.07 
 
 
402 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  49.37 
 
 
431 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.07 
 
 
402 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  48.68 
 
 
325 aa  251  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  50.49 
 
 
436 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  43.64 
 
 
344 aa  250  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  46.67 
 
 
318 aa  247  3e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.25 
 
 
313 aa  247  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  46.73 
 
 
329 aa  247  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  46.51 
 
 
318 aa  246  4e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.33 
 
 
318 aa  245  6e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  46.41 
 
 
327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  46.08 
 
 
331 aa  243  3e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.67 
 
 
356 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.65 
 
 
319 aa  242  7.999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.69 
 
 
333 aa  240  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  46.86 
 
 
327 aa  238  8e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.39 
 
 
321 aa  237  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  47.02 
 
 
313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.08 
 
 
300 aa  236  6e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  46.36 
 
 
320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.07 
 
 
323 aa  233  3e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  44.81 
 
 
327 aa  233  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  42.31 
 
 
323 aa  231  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  42.05 
 
 
323 aa  231  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  43.64 
 
 
305 aa  231  2e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.75 
 
 
323 aa  230  3e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.24 
 
 
325 aa  229  5e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  43.75 
 
 
302 aa  229  6e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  42.38 
 
 
302 aa  228  9e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.1 
 
 
302 aa  228  9e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  42.38 
 
 
302 aa  228  1e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.29 
 
 
325 aa  228  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  45.72 
 
 
315 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.05 
 
 
302 aa  227  2e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  41.78 
 
 
323 aa  228  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.57 
 
 
325 aa  227  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  43.24 
 
 
322 aa  228  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.05 
 
 
302 aa  227  3e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  42.05 
 
 
302 aa  227  3e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.05 
 
 
302 aa  227  3e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.05 
 
 
302 aa  227  3e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.05 
 
 
302 aa  226  4e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  45.31 
 
 
315 aa  226  5.0000000000000005e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.73 
 
 
325 aa  226  6e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  41.72 
 
 
302 aa  224  1e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.57 
 
 
321 aa  225  1e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.88 
 
 
331 aa  224  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.1 
 
 
325 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.1 
 
 
325 aa  223  3e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.91 
 
 
325 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.19 
 
 
300 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  41.1 
 
 
310 aa  222  7e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.1 
 
 
319 aa  222  7e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  45.13 
 
 
316 aa  222  7e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.88 
 
 
324 aa  222  8e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  41.58 
 
 
324 aa  222  8e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.24 
 
 
323 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.24 
 
 
323 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.19 
 
 
327 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.23 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.24 
 
 
323 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  42.57 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  41.06 
 
 
324 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  41.06 
 
 
324 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  42.62 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  41.06 
 
 
324 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  41.06 
 
 
324 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>