More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2822 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
329 aa  674    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  47.35 
 
 
344 aa  249  4e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  44.34 
 
 
313 aa  245  8e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.67 
 
 
303 aa  241  1e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  42.72 
 
 
326 aa  238  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  43.23 
 
 
305 aa  236  3e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.78 
 
 
304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  40.2 
 
 
305 aa  229  6e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  43.45 
 
 
323 aa  228  7e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  43.83 
 
 
306 aa  228  9e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  43.38 
 
 
320 aa  224  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  40.92 
 
 
315 aa  224  1e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  41.8 
 
 
315 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43 
 
 
300 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.12 
 
 
316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.74 
 
 
331 aa  220  3e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  41.9 
 
 
319 aa  219  5e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.07 
 
 
296 aa  219  5e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  43.61 
 
 
320 aa  219  7e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  41.89 
 
 
306 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.06 
 
 
296 aa  217  2e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  42.67 
 
 
302 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  42.62 
 
 
311 aa  216  4e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.76 
 
 
300 aa  216  5e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.16 
 
 
301 aa  215  7e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.18 
 
 
312 aa  215  9e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  39 
 
 
311 aa  215  9.999999999999999e-55  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 
308 aa  215  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43.33 
 
 
309 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.76 
 
 
313 aa  214  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40.13 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  41.58 
 
 
302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.58 
 
 
302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.18 
 
 
319 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  43.18 
 
 
310 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  42.16 
 
 
311 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  40.25 
 
 
306 aa  213  4.9999999999999996e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  41.25 
 
 
302 aa  211  9e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.25 
 
 
302 aa  211  1e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  41.25 
 
 
302 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  40.32 
 
 
304 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.25 
 
 
302 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  40.76 
 
 
314 aa  211  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.94 
 
 
306 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.25 
 
 
302 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  42.16 
 
 
334 aa  210  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  42.44 
 
 
310 aa  211  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 
304 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.92 
 
 
302 aa  209  5e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45 
 
 
316 aa  209  5e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.67 
 
 
322 aa  209  6e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  40.92 
 
 
302 aa  209  6e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  39.54 
 
 
329 aa  209  7e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.68 
 
 
302 aa  209  7e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  44.52 
 
 
313 aa  208  9e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.75 
 
 
306 aa  208  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  40.32 
 
 
326 aa  208  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  38.67 
 
 
303 aa  207  2e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  41.24 
 
 
305 aa  205  1e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  39.01 
 
 
336 aa  204  1e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.52 
 
 
303 aa  204  2e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  40.33 
 
 
340 aa  203  3e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  39.71 
 
 
482 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  42.04 
 
 
329 aa  203  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.31 
 
 
337 aa  203  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  38.96 
 
 
328 aa  202  6e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  36.19 
 
 
297 aa  202  6e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.87 
 
 
312 aa  202  7e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  40.26 
 
 
302 aa  202  8e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.25 
 
 
325 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 
334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  38.91 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  41.42 
 
 
318 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  38.28 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  38.82 
 
 
322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  45.68 
 
 
318 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  40.32 
 
 
339 aa  199  5e-50  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  41.56 
 
 
318 aa  199  5e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.25 
 
 
319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  42.77 
 
 
334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  39.1 
 
 
319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 
313 aa  197  3e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.47 
 
 
325 aa  196  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  38.78 
 
 
319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.67 
 
 
319 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  39.68 
 
 
322 aa  196  5.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.87 
 
 
356 aa  196  6e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.25 
 
 
333 aa  196  6e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.69 
 
 
318 aa  195  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  39.8 
 
 
318 aa  196  7e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  43.28 
 
 
525 aa  195  7e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  36.77 
 
 
313 aa  196  7e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  43.06 
 
 
318 aa  195  7e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.48 
 
 
347 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  37.83 
 
 
352 aa  195  1e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.48 
 
 
334 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  41.78 
 
 
315 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  40.07 
 
 
325 aa  195  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 
346 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  39.93 
 
 
320 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>