More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2314 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 
334 aa  683    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.69 
 
 
344 aa  437  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  63.5 
 
 
344 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.08 
 
 
339 aa  431  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  66.26 
 
 
334 aa  428  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.44 
 
 
334 aa  426  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  63.58 
 
 
356 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  65.12 
 
 
344 aa  424  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  63.38 
 
 
327 aa  407  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.33 
 
 
334 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  51.79 
 
 
369 aa  272  6e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.77 
 
 
403 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.95 
 
 
403 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.96 
 
 
391 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  49.33 
 
 
370 aa  259  7e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  49.33 
 
 
370 aa  258  7e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  50.65 
 
 
358 aa  258  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  50.16 
 
 
400 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  50.8 
 
 
407 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  50.8 
 
 
405 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.8 
 
 
402 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.24 
 
 
438 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  50.8 
 
 
402 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  50.8 
 
 
402 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.85 
 
 
395 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.85 
 
 
395 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  50.79 
 
 
360 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  49.85 
 
 
431 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 
395 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 
389 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  49.85 
 
 
389 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  49.85 
 
 
389 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  49.85 
 
 
389 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  51.31 
 
 
436 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  45.66 
 
 
329 aa  237  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.72 
 
 
356 aa  237  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.18 
 
 
321 aa  236  4e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  46.42 
 
 
318 aa  235  6e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.13 
 
 
313 aa  236  6e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.06 
 
 
318 aa  235  8e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  46.78 
 
 
325 aa  233  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  48.62 
 
 
327 aa  232  6e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.67 
 
 
321 aa  229  5e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  43.92 
 
 
327 aa  228  8e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.79 
 
 
327 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.65 
 
 
318 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.96 
 
 
325 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.96 
 
 
325 aa  226  4e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  42.57 
 
 
324 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  45.18 
 
 
331 aa  225  9e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  45.51 
 
 
327 aa  224  1e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.84 
 
 
319 aa  224  1e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.77 
 
 
333 aa  223  4.9999999999999996e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.95 
 
 
325 aa  222  6e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  44.48 
 
 
322 aa  222  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  41.12 
 
 
328 aa  222  7e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.72 
 
 
324 aa  222  7e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  41.45 
 
 
321 aa  222  8e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  44.04 
 
 
323 aa  221  9e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  43.33 
 
 
323 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  47.44 
 
 
309 aa  221  9.999999999999999e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  43 
 
 
323 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.3 
 
 
325 aa  220  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  41.45 
 
 
321 aa  220  3e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.67 
 
 
327 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  42.76 
 
 
324 aa  220  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  43.32 
 
 
302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  41.72 
 
 
302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  44.26 
 
 
318 aa  219  5e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.28 
 
 
325 aa  219  5e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.29 
 
 
325 aa  219  5e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.68 
 
 
323 aa  219  6e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.62 
 
 
325 aa  219  7e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.91 
 
 
323 aa  219  7e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  46.28 
 
 
315 aa  219  7e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  43.11 
 
 
300 aa  218  1e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.91 
 
 
323 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.91 
 
 
323 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.07 
 
 
319 aa  217  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  42.66 
 
 
304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  42.07 
 
 
310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  46.65 
 
 
332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  45.61 
 
 
352 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.37 
 
 
323 aa  216  4e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45 
 
 
325 aa  216  4e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  45.27 
 
 
352 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  45.61 
 
 
313 aa  216  5e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.59 
 
 
324 aa  215  9e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.02 
 
 
300 aa  215  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.33 
 
 
319 aa  214  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.29 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 
299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  39.19 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.08 
 
 
343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  41.58 
 
 
324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  41.58 
 
 
324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  41.58 
 
 
324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  41.58 
 
 
324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  41.53 
 
 
324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.29 
 
 
326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>