More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_1086 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 324 aa  664    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 324 aa  664    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 324 aa  664    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 324 aa  664    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  96.3 
 
 		 324 aa  639    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  94.12 
 
 		 323 aa  629  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  94.12 
 
 		 323 aa  629  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  94.12 
 
 		 323 aa  629  1e-179  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  87.04 
 
 		 324 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  83.59 
 
 		 323 aa  555  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  82.72 
 
 		 324 aa  556  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  82.81 
 
 		 323 aa  548  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  85.19 
 
 		 324 aa  543  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  81 
 
 		 323 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  80.5 
 
 		 323 aa  520  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  68.75 
 
 		 322 aa  448  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  67.09 
 
 		 325 aa  432  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  67.3 
 
 		 325 aa  431  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  67.3 
 
 		 325 aa  431  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.14 
 
 		 325 aa  429  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  67.71 
 
 		 326 aa  428  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  67.71 
 
 		 326 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  67.4 
 
 		 326 aa  428  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  67.08 
 
 		 326 aa  426  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  67.08 
 
 		 326 aa  426  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  67.08 
 
 		 326 aa  426  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.77 
 
 		 326 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.77 
 
 		 326 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.77 
 
 		 326 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  67.08 
 
 		 326 aa  426  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.04 
 
 		 325 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.04 
 
 		 325 aa  427  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.77 
 
 		 326 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  67.08 
 
 		 326 aa  426  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  67.08 
 
 		 326 aa  426  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.77 
 
 		 326 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  66.77 
 
 		 325 aa  427  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.46 
 
 		 326 aa  422  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  64.47 
 
 		 327 aa  422  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64 
 
 		 325 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.88 
 
 		 327 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  64.15 
 
 		 325 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.24 
 
 		 327 aa  400  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  62.54 
 
 		 324 aa  396  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  62.22 
 
 		 324 aa  392  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  60.38 
 
 		 321 aa  390  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  66.33 
 
 		 324 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  57.68 
 
 		 327 aa  373  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.41 
 
 		 320 aa  368  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  57.46 
 
 		 352 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  56.83 
 
 		 352 aa  361  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.83 
 
 		 320 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  57.32 
 
 		 336 aa  359  3e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  56.83 
 
 		 320 aa  358  7e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  57.42 
 
 		 352 aa  356  2.9999999999999997e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.91 
 
 		 324 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  57.14 
 
 		 320 aa  354  1e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.31 
 
 		 325 aa  352  4e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  55.87 
 
 		 352 aa  352  7e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  56.83 
 
 		 320 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  58.33 
 
 		 325 aa  349  3e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.42 
 
 		 313 aa  345  8e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  53.29 
 
 		 319 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  54.19 
 
 		 315 aa  333  3e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  53.25 
 
 		 319 aa  323  2e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  55.37 
 
 		 313 aa  321  9.999999999999999e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  54.13 
 
 		 329 aa  321  9.999999999999999e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0193  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.02 
 
 		 319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.341047  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  56.75 
 
 		 340 aa  319  3e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53 
 
 		 333 aa  319  3.9999999999999996e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.55 
 
 		 334 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.45 
 
 		 323 aa  316  4e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.13 
 
 		 323 aa  316  4e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  54.18 
 
 		 318 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.31 
 
 		 321 aa  312  4.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  56.04 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  52.16 
 
 		 331 aa  309  5e-83  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  52.49 
 
 		 327 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.75 
 
 		 356 aa  300  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.84 
 
 		 319 aa  293  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  50.84 
 
 		 310 aa  293  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.96 
 
 		 318 aa  286  4e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  49.84 
 
 		 400 aa  278  7e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  50.31 
 
 		 358 aa  277  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  47 
 
 		 321 aa  278  1e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  50.94 
 
 		 370 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.49 
 
 		 318 aa  277  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  47 
 
 		 321 aa  276  3e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  50.63 
 
 		 370 aa  276  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  49.2 
 
 		 360 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.2 
 
 		 402 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  49.2 
 
 		 402 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  49.2 
 
 		 402 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  48.23 
 
 		 405 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  48.23 
 
 		 407 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.39 
 
 		 391 aa  271  9e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.06 
 
 		 403 aa  270  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  50.16 
 
 		 436 aa  266  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.83 
 
 		 395 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.83 
 
 		 395 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>