More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2875 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 369 aa  722    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.96 
 
 		 334 aa  352  4e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  52.37 
 
 		 334 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.02 
 
 		 344 aa  295  8e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  51.6 
 
 		 327 aa  292  7e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  49.71 
 
 		 344 aa  291  9e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  50.85 
 
 		 356 aa  291  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.87 
 
 		 339 aa  290  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  50.45 
 
 		 334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.45 
 
 		 334 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.43 
 
 		 403 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  49.28 
 
 		 344 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  50.28 
 
 		 370 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  49.86 
 
 		 370 aa  279  5e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  50 
 
 		 358 aa  276  5e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.42 
 
 		 403 aa  275  7e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.58 
 
 		 391 aa  266  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  51.89 
 
 		 436 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  52.22 
 
 		 431 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.15 
 
 		 395 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 		 389 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.15 
 
 		 395 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 		 389 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 		 389 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  49.85 
 
 		 395 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  49.85 
 
 		 389 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.27 
 
 		 438 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  47.99 
 
 		 400 aa  256  4e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  47.41 
 
 		 407 aa  252  7e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.79 
 
 		 402 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  49.84 
 
 		 405 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  47.79 
 
 		 402 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  47.79 
 
 		 402 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  49.37 
 
 		 360 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  49.17 
 
 		 327 aa  239  5e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  46.56 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.39 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.48 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  46.6 
 
 		 315 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.55 
 
 		 356 aa  229  5e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.84 
 
 		 318 aa  228  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 323 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  45.16 
 
 		 325 aa  226  7e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  41.05 
 
 		 323 aa  225  8e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.62 
 
 		 321 aa  225  8e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 327 aa  225  9e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  45.32 
 
 		 319 aa  225  1e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 		 323 aa  223  4e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  42.28 
 
 		 324 aa  223  6e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.23 
 
 		 321 aa  222  8e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 		 323 aa  221  9.999999999999999e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 323 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.03 
 
 		 327 aa  219  6e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  41.62 
 
 		 344 aa  218  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.66 
 
 		 331 aa  216  4e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  48.25 
 
 		 332 aa  215  9e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.88 
 
 		 333 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.39 
 
 		 319 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  42.39 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.69 
 
 		 325 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  45.51 
 
 		 318 aa  213  5.999999999999999e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.13 
 
 		 324 aa  213  5.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  43.63 
 
 		 322 aa  213  5.999999999999999e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  46.86 
 
 		 345 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  42.32 
 
 		 329 aa  212  9e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.87 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 323 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.43 
 
 		 323 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.9 
 
 		 343 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.43 
 
 		 323 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.43 
 
 		 323 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.17 
 
 		 334 aa  210  3e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  44.15 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  44.15 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  42.39 
 
 		 319 aa  210  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.38 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  43.89 
 
 		 320 aa  208  9e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  40.12 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  40.12 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  40.12 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.4 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  40.12 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  43.71 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  40.65 
 
 		 322 aa  207  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  37.65 
 
 		 324 aa  206  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  35.74 
 
 		 321 aa  206  5e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  38.02 
 
 		 324 aa  206  5e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  43.57 
 
 		 320 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  38.34 
 
 		 325 aa  206  6e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.69 
 
 		 304 aa  205  8e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  40.7 
 
 		 352 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  39.86 
 
 		 302 aa  205  1e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  35.74 
 
 		 321 aa  205  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  38.77 
 
 		 325 aa  204  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.59 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 352 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.81 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  39.39 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.69 
 
 		 325 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>