More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0087 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
344 aa  689    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.29 
 
 
334 aa  441  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  70.29 
 
 
334 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.36 
 
 
339 aa  424  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  65.12 
 
 
334 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  66.26 
 
 
356 aa  418  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  59.28 
 
 
344 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  63.78 
 
 
327 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.07 
 
 
344 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.06 
 
 
334 aa  293  3e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  48.75 
 
 
370 aa  268  1e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  48.44 
 
 
370 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.02 
 
 
403 aa  265  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  49.84 
 
 
358 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  51.97 
 
 
369 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.51 
 
 
391 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  47.15 
 
 
400 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
395 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.73 
 
 
403 aa  253  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
395 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
389 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
389 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  49.68 
 
 
395 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
389 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  49.68 
 
 
389 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  46.46 
 
 
405 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  47.18 
 
 
407 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.74 
 
 
438 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  47.26 
 
 
402 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  47.26 
 
 
402 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.26 
 
 
402 aa  248  8e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  47.26 
 
 
360 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  49.68 
 
 
436 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.81 
 
 
318 aa  247  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  45.26 
 
 
431 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  47.62 
 
 
325 aa  243  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  46.3 
 
 
331 aa  239  6.999999999999999e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.37 
 
 
319 aa  238  8e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  48.16 
 
 
329 aa  238  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  46.25 
 
 
327 aa  236  6e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.54 
 
 
313 aa  229  7e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.24 
 
 
333 aa  226  3e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.48 
 
 
321 aa  225  9e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  44.9 
 
 
318 aa  224  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.2 
 
 
308 aa  224  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  40.46 
 
 
302 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  43.03 
 
 
344 aa  222  6e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.23 
 
 
325 aa  222  7e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  38.61 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.4 
 
 
302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.8 
 
 
300 aa  220  3e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  38.61 
 
 
321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 
304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.75 
 
 
319 aa  219  5e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  41.75 
 
 
310 aa  219  7e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  46.23 
 
 
327 aa  219  7e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.69 
 
 
300 aa  218  1e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.48 
 
 
318 aa  218  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  42.19 
 
 
304 aa  217  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.11 
 
 
331 aa  217  2e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.72 
 
 
356 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.6 
 
 
302 aa  216  4e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.58 
 
 
323 aa  216  4e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.6 
 
 
302 aa  216  4e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.6 
 
 
302 aa  216  4e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.6 
 
 
302 aa  216  5e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  39.6 
 
 
302 aa  216  5e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.6 
 
 
302 aa  216  5e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  40.58 
 
 
313 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.6 
 
 
302 aa  215  7e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  43.69 
 
 
310 aa  215  9e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.58 
 
 
323 aa  214  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.41 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.43 
 
 
335 aa  215  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.18 
 
 
302 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.27 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  39.14 
 
 
302 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  45 
 
 
315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.24 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  41.58 
 
 
328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  40.89 
 
 
302 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  39.54 
 
 
420 aa  213  5.999999999999999e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  44.95 
 
 
309 aa  212  7e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  40.33 
 
 
323 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  41.25 
 
 
323 aa  212  9e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  37.46 
 
 
303 aa  212  9e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.95 
 
 
325 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  39.66 
 
 
305 aa  210  2e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  39.66 
 
 
305 aa  210  2e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.58 
 
 
325 aa  210  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  41.92 
 
 
300 aa  211  2e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.42 
 
 
312 aa  210  3e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  39.94 
 
 
326 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  39.94 
 
 
326 aa  209  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  39.94 
 
 
326 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.94 
 
 
326 aa  209  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.26 
 
 
326 aa  209  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.94 
 
 
326 aa  209  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.26 
 
 
326 aa  209  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.12 
 
 
323 aa  209  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>