More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2180 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 327 aa  652    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  64.09 
 
 		 344 aa  418  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.36 
 
 		 339 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.63 
 
 		 344 aa  411  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  64.31 
 
 		 356 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.22 
 
 		 334 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  63.38 
 
 		 334 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  64.11 
 
 		 334 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  63.78 
 
 		 344 aa  400  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.26 
 
 		 334 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  54.25 
 
 		 369 aa  273  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.09 
 
 		 403 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.61 
 
 		 391 aa  265  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.65 
 
 		 403 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 		 370 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 		 370 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  50.95 
 
 		 358 aa  262  6e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  50.91 
 
 		 436 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  52.43 
 
 		 431 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.85 
 
 		 395 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.85 
 
 		 395 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.91 
 
 		 438 aa  260  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  49.85 
 
 		 389 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  49.85 
 
 		 389 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  49.55 
 
 		 389 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  49.85 
 
 		 389 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  49.55 
 
 		 395 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  51.6 
 
 		 400 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.13 
 
 		 402 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  51.45 
 
 		 360 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  50.48 
 
 		 407 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  50.48 
 
 		 405 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  51.13 
 
 		 402 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  51.13 
 
 		 402 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  47.85 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  42.6 
 
 		 344 aa  239  6.999999999999999e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.33 
 
 		 313 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.03 
 
 		 318 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  45.98 
 
 		 325 aa  228  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  49.1 
 
 		 318 aa  225  8e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  45.23 
 
 		 329 aa  225  1e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.1 
 
 		 321 aa  224  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.22 
 
 		 323 aa  224  2e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.78 
 
 		 333 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  48.14 
 
 		 327 aa  223  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.37 
 
 		 318 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  42.31 
 
 		 323 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.9 
 
 		 323 aa  221  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.48 
 
 		 356 aa  220  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  46.38 
 
 		 313 aa  218  8.999999999999998e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  44.62 
 
 		 327 aa  218  1e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  44.3 
 
 		 331 aa  217  2e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  42.63 
 
 		 323 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  42.68 
 
 		 323 aa  215  9e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  45.67 
 
 		 320 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.82 
 
 		 321 aa  212  7.999999999999999e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.62 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.7 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  45.17 
 
 		 332 aa  209  5e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  41.08 
 
 		 324 aa  209  7e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  37.33 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  45.16 
 
 		 319 aa  208  1e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.69 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  43.2 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.21 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  46.53 
 
 		 315 aa  206  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.18 
 
 		 300 aa  206  5e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 323 aa  206  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  42.04 
 
 		 324 aa  205  8e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  42.62 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.89 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.32 
 
 		 325 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.32 
 
 		 325 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 420 aa  204  1e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  42.66 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  41.21 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.06 
 
 		 326 aa  203  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  40.38 
 
 		 326 aa  203  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  40.38 
 
 		 326 aa  203  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.38 
 
 		 326 aa  203  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.32 
 
 		 325 aa  203  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  40.38 
 
 		 326 aa  203  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.38 
 
 		 326 aa  203  4e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  41.08 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.06 
 
 		 326 aa  202  6e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 316 aa  202  6e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.63 
 
 		 325 aa  202  7e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  40.78 
 
 		 324 aa  202  7e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  42.6 
 
 		 352 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  42.9 
 
 		 352 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  39.67 
 
 		 321 aa  201  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.33 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  40.85 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.59 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.59 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.06 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  42.51 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.59 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.75 
 
 		 326 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>