More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1394 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 
412 aa  835    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  87.38 
 
 
411 aa  697    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  76.71 
 
 
455 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  73 
 
 
444 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  80 
 
 
453 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  84.59 
 
 
501 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  77.38 
 
 
458 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  67.75 
 
 
469 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  58.7 
 
 
446 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  66.57 
 
 
457 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  65.78 
 
 
468 aa  462  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  65.78 
 
 
468 aa  462  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  64.67 
 
 
471 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  58.52 
 
 
364 aa  425  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.33 
 
 
326 aa  368  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  54.04 
 
 
326 aa  368  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  54.13 
 
 
318 aa  367  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  53.16 
 
 
349 aa  366  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  52.32 
 
 
327 aa  363  2e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  55.21 
 
 
329 aa  364  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  55.18 
 
 
330 aa  363  4e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.75 
 
 
327 aa  360  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  51.7 
 
 
350 aa  358  9.999999999999999e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  54.83 
 
 
330 aa  357  1.9999999999999998e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  54.09 
 
 
330 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.95 
 
 
348 aa  280  3e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  44.88 
 
 
346 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.29 
 
 
330 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  46.89 
 
 
330 aa  262  8.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.31 
 
 
348 aa  260  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.01 
 
 
346 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.34 
 
 
330 aa  257  2e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  43.71 
 
 
346 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  41.74 
 
 
325 aa  256  5e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  44.86 
 
 
324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.06 
 
 
354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.99 
 
 
436 aa  241  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  44.24 
 
 
348 aa  238  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  40.18 
 
 
329 aa  229  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  39.46 
 
 
405 aa  226  8e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.08 
 
 
368 aa  216  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.23 
 
 
307 aa  182  8.000000000000001e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  38.1 
 
 
315 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  38.1 
 
 
315 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.51 
 
 
316 aa  178  1e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  38.69 
 
 
315 aa  177  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.1 
 
 
314 aa  176  8e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.34 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  38.21 
 
 
339 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.16 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  36.79 
 
 
325 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  37.42 
 
 
319 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36 
 
 
338 aa  171  3e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  35.69 
 
 
343 aa  171  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.71 
 
 
360 aa  170  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  38.11 
 
 
319 aa  170  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.33 
 
 
308 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.03 
 
 
308 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  39.63 
 
 
313 aa  170  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  36.56 
 
 
346 aa  170  5e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  38.01 
 
 
329 aa  169  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  35.65 
 
 
333 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.54 
 
 
320 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  36.06 
 
 
333 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  36.06 
 
 
333 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  36.45 
 
 
330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.71 
 
 
320 aa  167  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.7 
 
 
318 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.14 
 
 
318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.14 
 
 
318 aa  166  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  37.38 
 
 
318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.14 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  36.34 
 
 
329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.97 
 
 
326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  36.18 
 
 
339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.71 
 
 
315 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0397  pseudouridine synthase, RluA family  37.35 
 
 
335 aa  164  3e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  37.75 
 
 
317 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  35.31 
 
 
324 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  37.99 
 
 
319 aa  163  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  37.99 
 
 
319 aa  163  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.99 
 
 
319 aa  163  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.99 
 
 
319 aa  163  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  37.99 
 
 
319 aa  163  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.99 
 
 
319 aa  163  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.99 
 
 
319 aa  163  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  36.02 
 
 
329 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  36.02 
 
 
319 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  36.02 
 
 
329 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  35.92 
 
 
364 aa  162  9e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  36.45 
 
 
319 aa  162  9e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.99 
 
 
319 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  37.03 
 
 
320 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  36.76 
 
 
370 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  36.22 
 
 
318 aa  161  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.56 
 
 
328 aa  161  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.66 
 
 
319 aa  160  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  36.98 
 
 
312 aa  159  6e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  36.39 
 
 
318 aa  160  6e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  35.71 
 
 
318 aa  159  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>