More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1926 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_1926  pseudouridine synthase  100 
 
 		 304 aa  611  9.999999999999999e-175  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000261611  hitchhiker  0.00324235 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2207  pseudouridine synthase  42.96 
 
 		 309 aa  169  7e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41699  normal  0.754235 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  42.91 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  37.75 
 
 		 296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  38.1 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  38.31 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.83 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  37.42 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  36.55 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  40.78 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  35.09 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1169  pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000063461  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.12 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  32.11 
 
 		 226 aa  125  7e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  34.17 
 
 		 541 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  32.37 
 
 		 525 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  34.73 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  34.3 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  33.91 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  30.71 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  37.38 
 
 		 234 aa  120  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  38.57 
 
 		 560 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  35.24 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  34.45 
 
 		 296 aa  119  9e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.25 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  38.21 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  32.25 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  37.97 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.25 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.74 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  32.62 
 
 		 558 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  42.54 
 
 		 241 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.22 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  32.42 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.9 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  29.33 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  34.4 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  32.19 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 218 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.22 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  29.82 
 
 		 270 aa  112  7.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  30.25 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  31.36 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  32.38 
 
 		 356 aa  112  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  33 
 
 		 297 aa  112  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  29.77 
 
 		 578 aa  112  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  37.06 
 
 		 219 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1209  pseudouridine synthase, RluA family  34.84 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0509  P-protein  31.02 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  32.88 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  31.8 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  31.37 
 
 		 313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.94 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.18 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.18 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  36.65 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  32.3 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  33 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.22 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  38.5 
 
 		 224 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  29.93 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.36 
 
 		 323 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1482  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.15 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.696906  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  34.6 
 
 		 234 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  38.29 
 
 		 353 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  31.85 
 
 		 345 aa  108  9.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.48 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  30.89 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  34.34 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  29.6 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.18 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  31.91 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  28.62 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.4 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.07 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  32.3 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  37.67 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  31.03 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  35.36 
 
 		 327 aa  108  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  31.23 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.13 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  36.45 
 
 		 255 aa  107  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  33.68 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  31.84 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  33.79 
 
 		 215 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  31.23 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  32.66 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0004  pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000105413 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1865  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.79 
 
 		 241 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  31.96 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.19 
 
 		 225 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  34.93 
 
 		 217 aa  106  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 329 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0046  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.65 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.86 
 
 		 308 aa  107  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>