More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0988 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  100 
 
 
270 aa  541  1e-153  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  28.67 
 
 
304 aa  141  9e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  31.75 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  30.24 
 
 
304 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.65 
 
 
308 aa  136  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
304 aa  135  8e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  31.16 
 
 
328 aa  135  9e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  36.78 
 
 
317 aa  132  6e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  29.45 
 
 
300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  32.88 
 
 
319 aa  129  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  31.21 
 
 
310 aa  129  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  30.1 
 
 
298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  29.64 
 
 
315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33 
 
 
304 aa  128  8.000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.44 
 
 
315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.58 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  29.64 
 
 
326 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  27.74 
 
 
308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.29 
 
 
305 aa  126  5e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.97 
 
 
308 aa  125  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  31.8 
 
 
308 aa  125  8.000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  28.78 
 
 
302 aa  123  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  28.42 
 
 
316 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  30.53 
 
 
310 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.14 
 
 
302 aa  123  3e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.94 
 
 
297 aa  123  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  28.78 
 
 
301 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  35.91 
 
 
293 aa  122  5e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.9 
 
 
306 aa  122  6e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3265  pseudouridine synthase, RluA family  31.62 
 
 
302 aa  122  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  27.15 
 
 
332 aa  122  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  29.3 
 
 
303 aa  122  7e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 
420 aa  122  9e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.47 
 
 
290 aa  122  9e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  28.52 
 
 
299 aa  121  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  33.11 
 
 
323 aa  121  9.999999999999999e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.71 
 
 
322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  27.68 
 
 
314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.9 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.52 
 
 
297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  29.14 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  27.08 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0509  P-protein  32.57 
 
 
323 aa  120  3e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  29.45 
 
 
342 aa  120  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  30.38 
 
 
299 aa  120  3e-26  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  28.81 
 
 
306 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.6 
 
 
292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  28.47 
 
 
313 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  27.95 
 
 
322 aa  119  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  28.08 
 
 
344 aa  119  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  32.23 
 
 
297 aa  119  6e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  29.57 
 
 
303 aa  119  6e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  32.03 
 
 
329 aa  119  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.93 
 
 
314 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.01 
 
 
318 aa  118  9e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.51 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  32.51 
 
 
311 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  28.12 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  26.25 
 
 
346 aa  117  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  32.23 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.55 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.23 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.14 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  30.28 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  28.62 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  32.26 
 
 
285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  31.8 
 
 
311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  29.05 
 
 
541 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0995  pseudouridine synthase, RluA family  31.97 
 
 
302 aa  116  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.388874  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.91 
 
 
319 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  27.78 
 
 
318 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0193  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.97 
 
 
319 aa  117  3e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.341047  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.84 
 
 
327 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1289  RluA family pseudouridine synthase  32.34 
 
 
357 aa  116  3.9999999999999997e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0438774  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.6 
 
 
316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.45 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.28 
 
 
296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.42 
 
 
300 aa  115  5e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  26.58 
 
 
578 aa  116  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.32 
 
 
306 aa  116  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.01 
 
 
301 aa  115  5e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.53 
 
 
308 aa  116  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.17 
 
 
333 aa  115  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  29.07 
 
 
309 aa  115  6e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  28.32 
 
 
331 aa  115  6e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 
297 aa  115  6e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  31.23 
 
 
320 aa  115  6e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  26.55 
 
 
309 aa  115  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.63 
 
 
304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.63 
 
 
304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.63 
 
 
304 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.79 
 
 
297 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  31.48 
 
 
242 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.79 
 
 
322 aa  115  8.999999999999998e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.3 
 
 
332 aa  115  8.999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  31.17 
 
 
340 aa  115  8.999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  32.42 
 
 
235 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  30.91 
 
 
297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.21 
 
 
353 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  28.38 
 
 
309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>