More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0919 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
293 aa  593  1e-168  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  53.22 
 
 
317 aa  302  3.0000000000000004e-81  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  53.79 
 
 
304 aa  296  2e-79  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  52.04 
 
 
304 aa  292  6e-78  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  46.58 
 
 
303 aa  241  1e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  36.54 
 
 
339 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  36.39 
 
 
339 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  36.08 
 
 
339 aa  175  9e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.08 
 
 
339 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.39 
 
 
316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.94 
 
 
327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.71 
 
 
315 aa  172  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  35.2 
 
 
325 aa  172  6.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
319 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
319 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
319 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
319 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
319 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.02 
 
 
319 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  33.02 
 
 
319 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  33.02 
 
 
319 aa  170  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  33.02 
 
 
319 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.02 
 
 
319 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.02 
 
 
319 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.02 
 
 
319 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.74 
 
 
308 aa  170  3e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
352 aa  169  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.02 
 
 
319 aa  169  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.42 
 
 
308 aa  169  7e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.97 
 
 
338 aa  168  8e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.7 
 
 
319 aa  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  32.7 
 
 
320 aa  165  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  37.59 
 
 
324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.01 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.67 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.34 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.18 
 
 
300 aa  163  3e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  37.23 
 
 
324 aa  163  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.44 
 
 
314 aa  163  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  36.04 
 
 
362 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.49 
 
 
308 aa  162  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39 
 
 
302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  33.44 
 
 
339 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
322 aa  162  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  37.05 
 
 
306 aa  162  7e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  33.44 
 
 
319 aa  162  9e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  33.23 
 
 
319 aa  160  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  34.08 
 
 
328 aa  160  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  33.97 
 
 
399 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  32.91 
 
 
330 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.54 
 
 
318 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.16 
 
 
322 aa  159  5e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.12 
 
 
330 aa  159  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  31.33 
 
 
329 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  31.33 
 
 
329 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  31.33 
 
 
319 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.87 
 
 
331 aa  158  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.97 
 
 
329 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.97 
 
 
329 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  31.33 
 
 
329 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.12 
 
 
318 aa  158  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  33.23 
 
 
334 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  34.82 
 
 
326 aa  157  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01518  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.97 
 
 
313 aa  157  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  35.03 
 
 
339 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.44 
 
 
333 aa  157  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.65 
 
 
329 aa  156  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  34.92 
 
 
319 aa  155  6e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.49 
 
 
320 aa  155  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  34.11 
 
 
312 aa  155  7e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  34.52 
 
 
344 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.53 
 
 
325 aa  155  9e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  32.17 
 
 
318 aa  154  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  34.52 
 
 
344 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  32.8 
 
 
313 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  35.64 
 
 
305 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  33.65 
 
 
324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  34.17 
 
 
346 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.18 
 
 
318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000517495  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  32.34 
 
 
378 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  32.84 
 
 
398 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  34.29 
 
 
313 aa  152  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.89 
 
 
325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.89 
 
 
325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.43 
 
 
320 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584108  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.02 
 
 
320 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000901915  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  31.85 
 
 
334 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  30.57 
 
 
326 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  30.57 
 
 
326 aa  151  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.25 
 
 
326 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
303 aa  151  1e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  34.08 
 
 
330 aa  151  1e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.57 
 
 
326 aa  151  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  30.57 
 
 
326 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  31.95 
 
 
316 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.57 
 
 
326 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2087  RluA family pseudouridine synthase  34.08 
 
 
330 aa  150  2e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.25 
 
 
326 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.25 
 
 
326 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>