More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_0107 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
304 aa  607  1e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  37.97 
 
 
303 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.15 
 
 
349 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.37 
 
 
321 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  36.84 
 
 
349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.75 
 
 
303 aa  161  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.92 
 
 
318 aa  159  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  37.9 
 
 
349 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.71 
 
 
337 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35 
 
 
324 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  38.93 
 
 
345 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  38.3 
 
 
377 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  33.97 
 
 
326 aa  153  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  36.24 
 
 
376 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  38.49 
 
 
337 aa  152  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  38.59 
 
 
334 aa  152  8e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  36.65 
 
 
341 aa  152  8e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  34.15 
 
 
313 aa  152  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.6 
 
 
319 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  45.49 
 
 
314 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  39.47 
 
 
306 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  29.84 
 
 
305 aa  149  4e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
315 aa  148  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.23 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.23 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.11 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  37.83 
 
 
336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.04 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.23 
 
 
302 aa  147  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  34.23 
 
 
302 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  33.55 
 
 
319 aa  147  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.33 
 
 
335 aa  147  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.23 
 
 
302 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  37.66 
 
 
346 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.23 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  34.08 
 
 
319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.89 
 
 
302 aa  146  5e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  37.25 
 
 
343 aa  145  6e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.66 
 
 
347 aa  145  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  37.25 
 
 
343 aa  145  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.66 
 
 
334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  32.79 
 
 
302 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.12 
 
 
310 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.89 
 
 
302 aa  144  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.76 
 
 
322 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  35.59 
 
 
306 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.15 
 
 
302 aa  144  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  34.27 
 
 
302 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  33.22 
 
 
341 aa  144  2e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  33.77 
 
 
326 aa  144  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.09 
 
 
332 aa  143  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  33.45 
 
 
305 aa  142  5e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  35.44 
 
 
320 aa  142  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  35.26 
 
 
396 aa  142  8e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  34.55 
 
 
341 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  35.27 
 
 
322 aa  142  9e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  28.67 
 
 
270 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  31.58 
 
 
304 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.8 
 
 
301 aa  141  9.999999999999999e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  31.6 
 
 
352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  32.67 
 
 
305 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  33.64 
 
 
334 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  34.71 
 
 
334 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.72 
 
 
333 aa  139  4.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.07 
 
 
320 aa  139  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  37.3 
 
 
332 aa  139  7e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  31.63 
 
 
339 aa  138  8.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.62 
 
 
400 aa  138  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  34.72 
 
 
304 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  37.19 
 
 
347 aa  138  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  36.63 
 
 
298 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  31.1 
 
 
311 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0337  RluA family pseudouridine synthase  30.43 
 
 
297 aa  137  2e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0186274  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  35.88 
 
 
316 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  31.89 
 
 
342 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  37.71 
 
 
352 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  37.71 
 
 
352 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  29.15 
 
 
300 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  35.66 
 
 
309 aa  137  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  34.41 
 
 
313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  31.1 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  33.79 
 
 
322 aa  136  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  32.23 
 
 
342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  29.81 
 
 
319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  36.97 
 
 
420 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  35.84 
 
 
342 aa  136  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.85 
 
 
356 aa  136  4e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  31.88 
 
 
344 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  29.79 
 
 
319 aa  136  4e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.45 
 
 
312 aa  136  5e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  35.62 
 
 
301 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  37.77 
 
 
293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  34.38 
 
 
304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  36.96 
 
 
353 aa  135  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  32.03 
 
 
306 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.31 
 
 
353 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.27 
 
 
326 aa  135  8e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  33.44 
 
 
341 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.14 
 
 
319 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>