More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_2869 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
308 aa  638    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  48.43 
 
 
243 aa  221  9e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1843  pseudouridine synthase  44.95 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  34.38 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.94 
 
 
347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.77 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.69 
 
 
320 aa  145  8.000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  34.88 
 
 
304 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  32.63 
 
 
342 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  38.39 
 
 
320 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  29.62 
 
 
355 aa  143  4e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  32.05 
 
 
347 aa  142  8e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.17 
 
 
306 aa  142  8e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.78 
 
 
335 aa  142  9e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  33.78 
 
 
309 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33 
 
 
324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.89 
 
 
303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  34.88 
 
 
322 aa  140  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.02 
 
 
343 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.18 
 
 
348 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.57 
 
 
297 aa  139  6e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.02 
 
 
319 aa  139  7e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  31.37 
 
 
341 aa  138  1e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  30.07 
 
 
347 aa  138  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  31 
 
 
326 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  33.99 
 
 
334 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  30.77 
 
 
356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  29.61 
 
 
348 aa  136  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  31.66 
 
 
336 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  30.11 
 
 
482 aa  136  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.87 
 
 
297 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  32.57 
 
 
310 aa  136  5e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.87 
 
 
297 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.61 
 
 
332 aa  135  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.32 
 
 
350 aa  135  7.000000000000001e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.16 
 
 
292 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  36.24 
 
 
297 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.31 
 
 
318 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  29.76 
 
 
578 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  36.24 
 
 
297 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  30.8 
 
 
313 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  30.42 
 
 
334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  36.24 
 
 
297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  29.41 
 
 
354 aa  134  3e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  32.76 
 
 
331 aa  133  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.36 
 
 
333 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  32.23 
 
 
332 aa  134  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.17 
 
 
356 aa  133  3e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0839  pseudouridine synthase, RluA family  31.33 
 
 
336 aa  133  5e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00962928 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.62 
 
 
304 aa  132  5e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  32.04 
 
 
305 aa  133  5e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  36.19 
 
 
297 aa  133  5e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33 
 
 
321 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.2 
 
 
319 aa  132  6e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.2 
 
 
319 aa  132  6e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.38 
 
 
332 aa  132  6.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  32.98 
 
 
314 aa  132  6.999999999999999e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  30 
 
 
320 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  32.21 
 
 
309 aa  132  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  30.74 
 
 
334 aa  132  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  30.85 
 
 
376 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  32.63 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  30.88 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  31.86 
 
 
339 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  31.85 
 
 
315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  31.86 
 
 
323 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  30.75 
 
 
400 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  31.53 
 
 
298 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  30.72 
 
 
337 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  34.35 
 
 
311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.48 
 
 
343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.03 
 
 
344 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.55 
 
 
326 aa  130  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.51 
 
 
333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  29.3 
 
 
304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  34.3 
 
 
298 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.72 
 
 
275 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.72 
 
 
309 aa  129  7.000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  33.94 
 
 
303 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  31.02 
 
 
352 aa  128  1.0000000000000001e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  31.27 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  30.13 
 
 
344 aa  128  1.0000000000000001e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  30.72 
 
 
322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.49 
 
 
314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  30.07 
 
 
342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.39 
 
 
402 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.41 
 
 
319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.9 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 
329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  30.39 
 
 
402 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  30.63 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  29.57 
 
 
346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.27 
 
 
306 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  31.48 
 
 
305 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  30.39 
 
 
402 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  30.8 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  38.31 
 
 
299 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.1 
 
 
297 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  31.75 
 
 
319 aa  127  3e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  30.39 
 
 
360 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>