More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_1843 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_1843  pseudouridine synthase  100 
 
 
238 aa  486  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  50.85 
 
 
243 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  44.95 
 
 
308 aa  197  9e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  38.7 
 
 
319 aa  132  6e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  32.56 
 
 
226 aa  129  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  36.2 
 
 
297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  34.51 
 
 
308 aa  125  5e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0337  RluA family pseudouridine synthase  36.7 
 
 
297 aa  125  7e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0186274  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  34.82 
 
 
298 aa  124  9e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  34.2 
 
 
320 aa  124  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  35.75 
 
 
298 aa  124  1e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  34.51 
 
 
246 aa  124  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  33.6 
 
 
293 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  32.89 
 
 
304 aa  121  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.38 
 
 
324 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.19 
 
 
303 aa  120  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35 
 
 
337 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  35.38 
 
 
222 aa  119  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.91 
 
 
276 aa  119  4.9999999999999996e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  34.67 
 
 
314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.56 
 
 
305 aa  117  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  31.67 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.88 
 
 
323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  33.03 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  35.27 
 
 
223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  35.68 
 
 
344 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.22 
 
 
320 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.35 
 
 
333 aa  115  5e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.61 
 
 
306 aa  115  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  32.17 
 
 
306 aa  115  5e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.48 
 
 
301 aa  115  5e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.13 
 
 
320 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  36.84 
 
 
310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.03 
 
 
306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  34.65 
 
 
235 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.58 
 
 
319 aa  115  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  34.45 
 
 
353 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  36.6 
 
 
237 aa  114  8.999999999999998e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.13 
 
 
319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  34.19 
 
 
362 aa  113  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  34.8 
 
 
339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
305 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.18 
 
 
214 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.15 
 
 
323 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  36.79 
 
 
226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  36.49 
 
 
223 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  36.02 
 
 
223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  32.39 
 
 
310 aa  113  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  32.63 
 
 
309 aa  112  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  32.92 
 
 
322 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.33 
 
 
319 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  34.74 
 
 
211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.11 
 
 
321 aa  112  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.6 
 
 
356 aa  112  4.0000000000000004e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.93 
 
 
338 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.13 
 
 
319 aa  112  5e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  34.74 
 
 
211 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  34.78 
 
 
316 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  34.02 
 
 
334 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0397  pseudouridine synthase, RluA family  34.19 
 
 
335 aa  111  9e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
331 aa  111  9e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  34.02 
 
 
316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  32 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.9 
 
 
321 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  35.55 
 
 
225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  33.2 
 
 
322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.74 
 
 
326 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  32.31 
 
 
323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  34.02 
 
 
334 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  33.49 
 
 
211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  34.04 
 
 
318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  34.58 
 
 
223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.43 
 
 
225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  34.8 
 
 
217 aa  109  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  27.73 
 
 
352 aa  110  3e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  33.05 
 
 
360 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.47 
 
 
352 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  33.64 
 
 
224 aa  109  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  35.38 
 
 
225 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.98 
 
 
343 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  35.78 
 
 
309 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  35.38 
 
 
225 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.6 
 
 
322 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  33.06 
 
 
331 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.71 
 
 
302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2308  pseudouridine synthase  32.71 
 
 
237 aa  109  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000393862  normal  0.0433307 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  32.71 
 
 
302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.71 
 
 
302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  32.71 
 
 
302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  31.06 
 
 
321 aa  109  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.71 
 
 
302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.63 
 
 
313 aa  109  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.71 
 
 
302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  33.05 
 
 
402 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  34.76 
 
 
339 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.71 
 
 
302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.22 
 
 
304 aa  109  4.0000000000000004e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  33.05 
 
 
402 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.8 
 
 
303 aa  109  4.0000000000000004e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  33.06 
 
 
339 aa  109  5e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>