More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2721 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  100 
 
 
246 aa  509  1e-143  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  47.95 
 
 
255 aa  204  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  45.26 
 
 
228 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  42.44 
 
 
248 aa  192  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  41.87 
 
 
243 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.98 
 
 
231 aa  191  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  44.59 
 
 
258 aa  189  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.32 
 
 
242 aa  188  7e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  43.16 
 
 
233 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  48.17 
 
 
242 aa  180  2e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  47.44 
 
 
223 aa  180  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  41.01 
 
 
229 aa  172  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.22 
 
 
232 aa  171  6.999999999999999e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  39.83 
 
 
269 aa  171  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  42.29 
 
 
237 aa  169  3e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
226 aa  168  9e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  40.18 
 
 
215 aa  159  4e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  37.56 
 
 
237 aa  144  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  39.25 
 
 
243 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  37.33 
 
 
341 aa  124  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  35.51 
 
 
346 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1843  pseudouridine synthase  34.51 
 
 
238 aa  124  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.77 
 
 
320 aa  123  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1974  pseudouridine synthase  39.82 
 
 
238 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.33 
 
 
301 aa  122  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  38.63 
 
 
298 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  35.39 
 
 
398 aa  122  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  34.57 
 
 
339 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  35.38 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  36.64 
 
 
319 aa  119  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  35.48 
 
 
334 aa  119  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  34.4 
 
 
378 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  36.59 
 
 
370 aa  119  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  36.44 
 
 
362 aa  119  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.12 
 
 
348 aa  118  9e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  36.02 
 
 
331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 
360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.64 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.3 
 
 
352 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  37.61 
 
 
241 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.94 
 
 
315 aa  116  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  35.27 
 
 
399 aa  116  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  34.73 
 
 
344 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.09 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  35.06 
 
 
353 aa  115  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  33.61 
 
 
344 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  33.74 
 
 
335 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  33.74 
 
 
335 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.74 
 
 
335 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  35.43 
 
 
330 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.16 
 
 
477 aa  115  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  33.74 
 
 
335 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  33.74 
 
 
335 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  33.74 
 
 
335 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  34.35 
 
 
330 aa  115  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.59 
 
 
330 aa  115  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 
346 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  33.03 
 
 
339 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.74 
 
 
300 aa  115  7.999999999999999e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  34.69 
 
 
345 aa  115  8.999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.57 
 
 
300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  33.33 
 
 
315 aa  114  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  34.68 
 
 
329 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.74 
 
 
477 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.47 
 
 
346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  38.05 
 
 
241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  35 
 
 
318 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
316 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  37.61 
 
 
301 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  37.17 
 
 
302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1865  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.61 
 
 
241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36 
 
 
320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000517495  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3506  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36 
 
 
320 aa  112  5e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000697428  normal  0.0147626 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  34.62 
 
 
326 aa  112  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  33.47 
 
 
348 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  36.44 
 
 
501 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  37.39 
 
 
302 aa  112  7.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  35.78 
 
 
299 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  29.78 
 
 
298 aa  112  7.000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36 
 
 
320 aa  112  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000901915  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  30.4 
 
 
297 aa  111  8.000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.63 
 
 
315 aa  112  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  33.07 
 
 
346 aa  111  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  35 
 
 
313 aa  111  9e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  31.22 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0494  pseudouridine synthase  34.65 
 
 
268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.931297  normal  0.454399 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  36.17 
 
 
293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.98 
 
 
354 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.16 
 
 
323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  32.08 
 
 
216 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.02 
 
 
303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  32.95 
 
 
348 aa  110  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.33 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584108  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  30.17 
 
 
307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  35.42 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  34.42 
 
 
223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.61 
 
 
329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.61 
 
 
329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  34.42 
 
 
223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  34.26 
 
 
548 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>