More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0461 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  100 
 
 		 233 aa  479  1e-134  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  57.33 
 
 		 223 aa  258  6e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.46 
 
 		 231 aa  257  1e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  47.37 
 
 		 237 aa  199  3e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  45.15 
 
 		 248 aa  183  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 246 aa  181  7e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  42.6 
 
 		 243 aa  176  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  41.41 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.79 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 258 aa  170  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  38.94 
 
 		 229 aa  168  8e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  38.39 
 
 		 228 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  43.2 
 
 		 215 aa  164  8e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  40.81 
 
 		 226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  45.98 
 
 		 269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 255 aa  163  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  39.25 
 
 		 242 aa  160  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.67 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  31.94 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  35.21 
 
 		 301 aa  116  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  32.64 
 
 		 343 aa  115  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  32.89 
 
 		 341 aa  115  7.999999999999999e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  36.16 
 
 		 328 aa  114  8.999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1557  pseudouridine synthase  35.06 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.343366  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 330 aa  111  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  32.72 
 
 		 311 aa  111  8.000000000000001e-24  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35 
 
 		 320 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  33.05 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  31.09 
 
 		 348 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.49 
 
 		 305 aa  109  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1962  RluA family pseudouridine synthase  32.54 
 
 		 320 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000134652  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  35.59 
 
 		 330 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  31.7 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  34.08 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  34.64 
 
 		 303 aa  106  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.51 
 
 		 347 aa  106  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.51 
 
 		 334 aa  106  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  32.46 
 
 		 346 aa  105  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 343 aa  105  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  31.11 
 
 		 376 aa  105  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.6 
 
 		 337 aa  105  7e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.58 
 
 		 323 aa  105  8e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.7 
 
 		 348 aa  105  8e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.77 
 
 		 321 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  31.17 
 
 		 370 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  30.26 
 
 		 339 aa  104  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  32.76 
 
 		 343 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 322 aa  103  2e-21  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  36.27 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  32.76 
 
 		 343 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.91 
 
 		 333 aa  102  3e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  29.82 
 
 		 362 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  30.84 
 
 		 446 aa  102  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  30.32 
 
 		 339 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  29.44 
 
 		 398 aa  102  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.6 
 
 		 327 aa  102  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  32.16 
 
 		 322 aa  102  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.23 
 
 		 324 aa  102  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  30.53 
 
 		 399 aa  101  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  29.36 
 
 		 304 aa  101  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  30.45 
 
 		 328 aa  101  8e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.09 
 
 		 339 aa  101  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  32.05 
 
 		 469 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  31.47 
 
 		 345 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0509  P-protein  32.57 
 
 		 323 aa  101  1e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  28.89 
 
 		 339 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.22 
 
 		 332 aa  101  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 330 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  32 
 
 		 336 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.75 
 
 		 458 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  31.09 
 
 		 334 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  30.52 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  30.22 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  31.51 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  30.4 
 
 		 468 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  30.45 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  30.4 
 
 		 468 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1358  pseudouridine synthase, RluA family  36.87 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.364414  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.62 
 
 		 343 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  31.11 
 
 		 341 aa  100  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.2 
 
 		 334 aa  100  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.03 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  32.57 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  30.52 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.46 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  33.18 
 
 		 326 aa  99.8  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  32.63 
 
 		 324 aa  99.8  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  32.88 
 
 		 337 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  31.05 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  30.51 
 
 		 347 aa  99.4  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  30.96 
 
 		 352 aa  99.4  4e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  30.17 
 
 		 287 aa  99.4  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  31.34 
 
 		 331 aa  99  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  31.44 
 
 		 323 aa  99  5e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 324 aa  99.4  5e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  30.41 
 
 		 223 aa  99.4  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.02 
 
 		 329 aa  99  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.02 
 
 		 329 aa  99  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  31.28 
 
 		 457 aa  99  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>