More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1533 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  100 
 
 		 215 aa  445  1.0000000000000001e-124  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.3 
 
 		 232 aa  288  6e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  66.82 
 
 		 229 aa  284  8e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.45 
 
 		 242 aa  248  4e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  56.87 
 
 		 228 aa  248  5e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  53.08 
 
 		 243 aa  231  6e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  53.05 
 
 		 248 aa  231  6e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  43.2 
 
 		 233 aa  164  6.9999999999999995e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  42.65 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 255 aa  160  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  40.18 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 226 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  39.72 
 
 		 258 aa  153  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.81 
 
 		 231 aa  149  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  37.07 
 
 		 269 aa  146  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  42.13 
 
 		 237 aa  144  9e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 242 aa  136  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  37.32 
 
 		 223 aa  132  3e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.4 
 
 		 305 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  36.11 
 
 		 308 aa  116  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  38.1 
 
 		 307 aa  111  8.000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  32.68 
 
 		 237 aa  111  9e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  33.8 
 
 		 297 aa  111  9e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  34.62 
 
 		 314 aa  108  8.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.24 
 
 		 322 aa  108  8.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0445  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.24 
 
 		 322 aa  107  9.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  31.2 
 
 		 343 aa  106  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  35.81 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  32.57 
 
 		 304 aa  106  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.74 
 
 		 348 aa  106  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1416  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.78 
 
 		 322 aa  104  8e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  34.39 
 
 		 339 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.25 
 
 		 326 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.39 
 
 		 339 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  35.75 
 
 		 324 aa  103  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  35.75 
 
 		 324 aa  102  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2195  RNA pseudouridylate synthase family protein  34.36 
 
 		 236 aa  102  4e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  34.48 
 
 		 244 aa  102  5e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.79 
 
 		 326 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.72 
 
 		 296 aa  102  6e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 239 aa  102  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  32.44 
 
 		 339 aa  101  7e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  33.48 
 
 		 339 aa  101  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  30.33 
 
 		 255 aa  101  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.91 
 
 		 301 aa  101  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 239 aa  101  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  32.42 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  31.51 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  33.04 
 
 		 331 aa  100  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  34.56 
 
 		 306 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  32.14 
 
 		 327 aa  99.4  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  33.8 
 
 		 299 aa  98.6  7e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  32.19 
 
 		 349 aa  98.2  8e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  32.39 
 
 		 228 aa  98.2  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.27 
 
 		 320 aa  97.8  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.96 
 
 		 306 aa  97.8  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  31.65 
 
 		 323 aa  97.8  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  31.46 
 
 		 249 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  33.79 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.96 
 
 		 290 aa  96.7  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  32.87 
 
 		 560 aa  96.7  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  32.62 
 
 		 346 aa  96.3  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  32.56 
 
 		 302 aa  96.3  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  32.11 
 
 		 309 aa  95.9  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.65 
 
 		 301 aa  95.9  4e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  32.88 
 
 		 304 aa  95.5  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.27 
 
 		 333 aa  95.9  5e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  31.78 
 
 		 299 aa  95.1  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.18 
 
 		 305 aa  95.1  7e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.88 
 
 		 296 aa  95.1  7e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.77 
 
 		 321 aa  95.1  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  31.8 
 
 		 304 aa  94.7  8e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  33.47 
 
 		 328 aa  94.7  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.74 
 
 		 324 aa  94.7  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0259  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.64 
 
 		 290 aa  94.7  9e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0123  pseudouridine synthase  30.73 
 
 		 315 aa  94.4  1e-18  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.352108  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  34.33 
 
 		 305 aa  94.7  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  31.63 
 
 		 304 aa  94.4  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.96 
 
 		 319 aa  94.4  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.96 
 
 		 319 aa  94.4  1e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.63 
 
 		 302 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.63 
 
 		 302 aa  94  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  31.63 
 
 		 302 aa  93.6  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.63 
 
 		 302 aa  93.6  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  31.63 
 
 		 302 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  31.82 
 
 		 339 aa  93.6  2e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.96 
 
 		 319 aa  94  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.96 
 
 		 306 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.63 
 
 		 302 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.63 
 
 		 302 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  31.53 
 
 		 329 aa  93.6  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.63 
 
 		 302 aa  92.8  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0556  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.73 
 
 		 305 aa  93.2  3e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  34.93 
 
 		 326 aa  93.2  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 339 aa  92.4  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  34.84 
 
 		 320 aa  92.4  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.7 
 
 		 323 aa  92  5e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  31.2 
 
 		 348 aa  92  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>