More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4400 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  100 
 
 		 248 aa  509  1e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  69.76 
 
 		 243 aa  357  9.999999999999999e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  59.64 
 
 		 228 aa  271  6e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.98 
 
 		 232 aa  254  8e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  51.56 
 
 		 229 aa  245  4e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  53.05 
 
 		 215 aa  231  7.000000000000001e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.5 
 
 		 242 aa  228  8e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 246 aa  192  5e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  47.11 
 
 		 223 aa  191  7e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  46.04 
 
 		 255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  45.15 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 226 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  42.73 
 
 		 269 aa  177  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  45.23 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.46 
 
 		 231 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  47.19 
 
 		 237 aa  172  5e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 242 aa  155  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  35.47 
 
 		 223 aa  137  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  39.6 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  41.21 
 
 		 324 aa  125  5e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  41.21 
 
 		 324 aa  125  5e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  38.16 
 
 		 255 aa  125  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  40.39 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 330 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  36.89 
 
 		 330 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  36.89 
 
 		 329 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.89 
 
 		 305 aa  121  9e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.52 
 
 		 244 aa  120  3e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  34.3 
 
 		 237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.98 
 
 		 315 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.41 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.41 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.44 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1962  RluA family pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 320 aa  116  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000134652  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  34.47 
 
 		 327 aa  116  3e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  35.78 
 
 		 315 aa  116  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  35.92 
 
 		 326 aa  115  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.52 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.05 
 
 		 348 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.15 
 
 		 330 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.75 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.91 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  33.82 
 
 		 339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  33.66 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.31 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2195  RNA pseudouridylate synthase family protein  30.74 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.12 
 
 		 368 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  33.65 
 
 		 216 aa  109  4.0000000000000004e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  33.81 
 
 		 313 aa  109  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.05 
 
 		 352 aa  108  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 346 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 318 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.86 
 
 		 329 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.66 
 
 		 330 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.52 
 
 		 360 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  31.39 
 
 		 286 aa  107  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.37 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.37 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  34.48 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  37.1 
 
 		 346 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.37 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.01 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  32.27 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  35.61 
 
 		 301 aa  106  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  34.04 
 
 		 329 aa  106  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.35 
 
 		 326 aa  106  3e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.04 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.49 
 
 		 323 aa  106  4e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  30.88 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  30.88 
 
 		 329 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  29.96 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  30.88 
 
 		 329 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.8 
 
 		 346 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 309 aa  105  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  32.84 
 
 		 249 aa  105  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  31.86 
 
 		 303 aa  105  6e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  30.36 
 
 		 346 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33 
 
 		 320 aa  105  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584108  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  33.99 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  30.88 
 
 		 330 aa  105  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.17 
 
 		 318 aa  105  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  33.96 
 
 		 344 aa  105  9e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  33.96 
 
 		 344 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  34.11 
 
 		 312 aa  104  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  34.21 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  28.88 
 
 		 319 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  31.11 
 
 		 306 aa  103  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.86 
 
 		 296 aa  103  2e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  34.21 
 
 		 239 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 353 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  30.39 
 
 		 329 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  33.47 
 
 		 370 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.58 
 
 		 348 aa  103  3e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  34.63 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.3 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  30.47 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  31.22 
 
 		 312 aa  102  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  33.06 
 
 		 331 aa  102  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.48 
 
 		 436 aa  102  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>