More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_1390 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  100 
 
 		 255 aa  520  1e-147  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  59.39 
 
 		 234 aa  260  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  55.02 
 
 		 240 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  56.64 
 
 		 249 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  51.36 
 
 		 264 aa  244  9e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  57.47 
 
 		 239 aa  243  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  57.01 
 
 		 239 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  58.22 
 
 		 224 aa  240  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  55.56 
 
 		 234 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  53.3 
 
 		 228 aa  235  6e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  52.86 
 
 		 228 aa  228  7e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  44.22 
 
 		 292 aa  227  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  53.59 
 
 		 264 aa  205  6e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  59.31 
 
 		 322 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  51.56 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  59.44 
 
 		 298 aa  175  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  58.62 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  45.87 
 
 		 227 aa  168  8e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  45.71 
 
 		 250 aa  167  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.05 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  43.19 
 
 		 227 aa  158  8e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  41.43 
 
 		 222 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  41.43 
 
 		 324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.65 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  39.15 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  44.83 
 
 		 224 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  41.4 
 
 		 313 aa  143  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.16 
 
 		 368 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  36.14 
 
 		 457 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  37.82 
 
 		 405 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 469 aa  139  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 327 aa  138  7e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 468 aa  138  7e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 		 468 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  37.05 
 
 		 446 aa  137  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 471 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.55 
 
 		 326 aa  135  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.55 
 
 		 318 aa  135  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.51 
 
 		 308 aa  135  7.000000000000001e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 364 aa  135  8e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  36.44 
 
 		 326 aa  135  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.76 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  41.94 
 
 		 318 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.97 
 
 		 327 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.61 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.46 
 
 		 348 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.63 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.06 
 
 		 346 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  39.19 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  38.74 
 
 		 330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  32.65 
 
 		 346 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 330 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  32.65 
 
 		 346 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.05 
 
 		 348 aa  129  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.71 
 
 		 330 aa  128  9.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.72 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.2 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  40.45 
 
 		 312 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  38.5 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.5 
 
 		 352 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  37.23 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.37 
 
 		 436 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  37.23 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  33.86 
 
 		 412 aa  126  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  39.64 
 
 		 560 aa  126  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  37.73 
 
 		 344 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  35.21 
 
 		 348 aa  125  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  38.16 
 
 		 248 aa  125  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.81 
 
 		 354 aa  125  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  31.18 
 
 		 349 aa  125  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  40.33 
 
 		 323 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 306 aa  125  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.5 
 
 		 360 aa  125  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 316 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 548 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  35.4 
 
 		 286 aa  125  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  40.2 
 
 		 278 aa  125  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.47 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.49 
 
 		 330 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 335 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  34.02 
 
 		 329 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.89 
 
 		 458 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  38.79 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.47 
 
 		 477 aa  123  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  35.84 
 
 		 501 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  37.27 
 
 		 344 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.64 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 350 aa  123  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.8 
 
 		 329 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.8 
 
 		 329 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.29 
 
 		 327 aa  123  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  36.21 
 
 		 341 aa  122  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  36.41 
 
 		 324 aa  123  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.304816 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>