More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_0347 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
303 aa  620  1e-176  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1962  RluA family pseudouridine synthase  53.63 
 
 
320 aa  320  1.9999999999999998e-86  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000134652  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1557  pseudouridine synthase  35.89 
 
 
311 aa  177  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.343366  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  34.97 
 
 
324 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  34.97 
 
 
324 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0123  pseudouridine synthase  31.33 
 
 
315 aa  159  4e-38  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.352108  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  34.78 
 
 
346 aa  156  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  30.1 
 
 
339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  33.89 
 
 
293 aa  145  6e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22770  pseudouridine synthase, RluA family  31 
 
 
318 aa  143  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.191328  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0893  pseudouridine synthase, RluA family  32.9 
 
 
318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.28 
 
 
308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.33 
 
 
328 aa  139  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.39 
 
 
339 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  28.83 
 
 
339 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  28.53 
 
 
339 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.38 
 
 
315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  32 
 
 
319 aa  135  7.000000000000001e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  28.28 
 
 
304 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  31.01 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  37.65 
 
 
297 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  31.13 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.58 
 
 
300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  32.06 
 
 
315 aa  132  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.03 
 
 
302 aa  132  6e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.75 
 
 
314 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 
323 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  30.77 
 
 
341 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  29.21 
 
 
314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  29.41 
 
 
323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  29.64 
 
 
309 aa  130  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  30.54 
 
 
330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  27.65 
 
 
311 aa  129  6e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  29.12 
 
 
331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  28.52 
 
 
354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  30.48 
 
 
299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.54 
 
 
304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  26.67 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.01 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  28.92 
 
 
339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  29.26 
 
 
347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  32.84 
 
 
328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  27.68 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  31.27 
 
 
346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.6 
 
 
356 aa  127  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  30.43 
 
 
420 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  26.96 
 
 
311 aa  127  3e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  30.61 
 
 
354 aa  126  5e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  27.97 
 
 
323 aa  125  6e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  34.22 
 
 
298 aa  125  6e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  31.58 
 
 
312 aa  125  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  28.48 
 
 
306 aa  125  7e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  26.74 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.17 
 
 
360 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  27.02 
 
 
315 aa  125  9e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.03 
 
 
320 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl563  23S rRNA pseudouridine synthase  33.12 
 
 
323 aa  125  1e-27  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0451901  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  29.57 
 
 
327 aa  124  1e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  31.39 
 
 
303 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.32 
 
 
296 aa  124  2e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  30.31 
 
 
320 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.27 
 
 
352 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  30.86 
 
 
303 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  28.39 
 
 
313 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.36 
 
 
306 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.36 
 
 
300 aa  124  2e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  30.37 
 
 
319 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  30.37 
 
 
319 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  30.37 
 
 
319 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  30.07 
 
 
329 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.06 
 
 
308 aa  123  3e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.37 
 
 
319 aa  124  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  32.16 
 
 
364 aa  124  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.37 
 
 
319 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.37 
 
 
319 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.37 
 
 
319 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  31.87 
 
 
304 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  25.74 
 
 
344 aa  124  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  29.96 
 
 
330 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  30.88 
 
 
304 aa  123  4e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.95 
 
 
318 aa  123  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.93 
 
 
313 aa  123  4e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  33.84 
 
 
298 aa  123  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  27.72 
 
 
302 aa  123  5e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.8 
 
 
319 aa  123  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.72 
 
 
343 aa  123  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  29.02 
 
 
352 aa  122  6e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  40.39 
 
 
248 aa  122  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.68 
 
 
308 aa  122  7e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  28.14 
 
 
336 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.8 
 
 
350 aa  122  9e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  28.2 
 
 
326 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  30.45 
 
 
353 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.05 
 
 
319 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.41 
 
 
315 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  29.05 
 
 
547 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.05 
 
 
319 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  27.24 
 
 
304 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.05 
 
 
319 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.27 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>