More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0278 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 231 aa  477  1e-134  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  65.74 
 
 		 223 aa  295  4e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  57.46 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  50.44 
 
 		 237 aa  216  2e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  47.98 
 
 		 246 aa  191  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 255 aa  188  7e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 258 aa  182  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  42.47 
 
 		 229 aa  182  5.0000000000000004e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  46.46 
 
 		 248 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  45.54 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  49.71 
 
 		 269 aa  175  6e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 243 aa  174  7e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  44 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.47 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 226 aa  165  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  39.27 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.6 
 
 		 242 aa  162  3e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 215 aa  149  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  33.01 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  35.35 
 
 		 243 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  33.8 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  35.19 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 344 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.91 
 
 		 326 aa  117  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.64 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.91 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.45 
 
 		 326 aa  116  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.56 
 
 		 319 aa  116  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.18 
 
 		 348 aa  116  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.25 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.95 
 
 		 319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.56 
 
 		 301 aa  115  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  32.56 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.93 
 
 		 334 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  32.46 
 
 		 322 aa  114  8.999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.82 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.1 
 
 		 319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.03 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  33.04 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  36.1 
 
 		 346 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 276 aa  112  3e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.64 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.94 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  34.55 
 
 		 344 aa  112  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.97 
 
 		 334 aa  112  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  30.7 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  34.56 
 
 		 334 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.7 
 
 		 344 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.71 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.97 
 
 		 347 aa  111  8.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  31.74 
 
 		 319 aa  111  8.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  33.64 
 
 		 356 aa  110  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  31.74 
 
 		 319 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.63 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.59 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  34.67 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  35.84 
 
 		 328 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  35.07 
 
 		 297 aa  109  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  33.95 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.07 
 
 		 297 aa  109  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  32.19 
 
 		 347 aa  109  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  32.02 
 
 		 308 aa  109  4.0000000000000004e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.88 
 
 		 301 aa  109  4.0000000000000004e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.86 
 
 		 296 aa  108  5e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.02 
 
 		 334 aa  108  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  31.08 
 
 		 304 aa  108  8.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  29.6 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  34.88 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  33.02 
 
 		 334 aa  107  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.36 
 
 		 324 aa  107  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  31.15 
 
 		 334 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 298 aa  107  1e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  33.02 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.64 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.42 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.03 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  31.2 
 
 		 352 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  32.29 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  30.77 
 
 		 352 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.69 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.16 
 
 		 327 aa  106  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  29.3 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  35.39 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.68 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  33.64 
 
 		 297 aa  106  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.03 
 
 		 313 aa  106  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  33.94 
 
 		 329 aa  106  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  34.25 
 
 		 299 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.18 
 
 		 297 aa  105  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.63 
 
 		 323 aa  105  4e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.76 
 
 		 321 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  34.09 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 320 aa  105  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  34.31 
 
 		 234 aa  105  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.18 
 
 		 292 aa  105  6e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  33.03 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  34.42 
 
 		 302 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.65 
 
 		 304 aa  105  6e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>