More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_4712 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  100 
 
 		 229 aa  465  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  71.18 
 
 		 232 aa  343  1e-93  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  66.82 
 
 		 215 aa  284  9e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  56.36 
 
 		 243 aa  265  4e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.09 
 
 		 242 aa  252  3e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  53.02 
 
 		 228 aa  251  9.000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  51.56 
 
 		 248 aa  245  3e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.47 
 
 		 231 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 255 aa  178  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 223 aa  177  8e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  46.05 
 
 		 237 aa  177  9e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 269 aa  174  9.999999999999999e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  41.01 
 
 		 246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 258 aa  168  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  38.94 
 
 		 233 aa  168  8e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  36.77 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  39.13 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  36.04 
 
 		 308 aa  126  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2195  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.93 
 
 		 236 aa  125  6e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.03 
 
 		 305 aa  122  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  36.56 
 
 		 326 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  35.37 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  35.68 
 
 		 330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.72 
 
 		 330 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.12 
 
 		 318 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.12 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.55 
 
 		 326 aa  116  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.09 
 
 		 326 aa  116  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  34.7 
 
 		 243 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.92 
 
 		 330 aa  115  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 330 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  35.75 
 
 		 324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  32.57 
 
 		 237 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  31.56 
 
 		 346 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.84 
 
 		 327 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  31.19 
 
 		 286 aa  112  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  35.23 
 
 		 324 aa  112  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.22 
 
 		 350 aa  112  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.15 
 
 		 346 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  32.71 
 
 		 249 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  29.83 
 
 		 363 aa  111  8.000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.87 
 
 		 368 aa  111  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  31.15 
 
 		 346 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  32.16 
 
 		 306 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.44 
 
 		 320 aa  110  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  30.25 
 
 		 347 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  32.2 
 
 		 349 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.98 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.04 
 
 		 306 aa  109  3e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.73 
 
 		 324 aa  108  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.21 
 
 		 307 aa  108  7.000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  36.87 
 
 		 405 aa  108  7.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 239 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  33.63 
 
 		 327 aa  108  7.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 239 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  35.5 
 
 		 319 aa  107  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 327 aa  107  1e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 331 aa  107  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  33.5 
 
 		 324 aa  107  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  30.09 
 
 		 303 aa  106  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.03 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.58 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.04 
 
 		 348 aa  106  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.36 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  31.45 
 
 		 346 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  30.56 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.58 
 
 		 319 aa  106  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  32.05 
 
 		 322 aa  106  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.96 
 
 		 348 aa  106  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  33.01 
 
 		 325 aa  106  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  32.73 
 
 		 329 aa  105  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  31.88 
 
 		 304 aa  105  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  28.87 
 
 		 352 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  29.96 
 
 		 306 aa  105  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  28.87 
 
 		 352 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.16 
 
 		 352 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.19 
 
 		 333 aa  105  5e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.63 
 
 		 436 aa  105  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  32.57 
 
 		 304 aa  105  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.58 
 
 		 319 aa  105  5e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 		 299 aa  105  6e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1843  pseudouridine synthase  33.64 
 
 		 238 aa  105  7e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  30.93 
 
 		 354 aa  104  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.04 
 
 		 325 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  30.17 
 
 		 350 aa  104  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 307 aa  104  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.88 
 
 		 301 aa  104  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.39 
 
 		 308 aa  104  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  32.2 
 
 		 346 aa  103  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.28 
 
 		 303 aa  103  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.36 
 
 		 348 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  29.52 
 
 		 306 aa  103  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 364 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  27.8 
 
 		 343 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  31.06 
 
 		 310 aa  103  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  30.2 
 
 		 348 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>