More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0410 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  100 
 
 
246 aa  501  1e-141  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  35.34 
 
 
299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  35.94 
 
 
304 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  35.93 
 
 
307 aa  135  5e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.6 
 
 
403 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  34.65 
 
 
311 aa  134  9e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0963  pseudouridine synthase  33.19 
 
 
314 aa  134  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.334173  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  31.69 
 
 
356 aa  130  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.04 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.04 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.62 
 
 
438 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  37.67 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  32.91 
 
 
370 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  34.2 
 
 
431 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  34.48 
 
 
307 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  35.04 
 
 
307 aa  129  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  33.76 
 
 
328 aa  129  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.48 
 
 
307 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.48 
 
 
307 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  33.88 
 
 
578 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  32.91 
 
 
370 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.19 
 
 
307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.4 
 
 
290 aa  129  6e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  35.68 
 
 
307 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.78 
 
 
307 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.929825  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  34.19 
 
 
420 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.91 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  33.05 
 
 
541 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  32.92 
 
 
344 aa  126  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.9 
 
 
344 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  33.76 
 
 
334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2067  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.65 
 
 
294 aa  125  5e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.03 
 
 
339 aa  125  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  31.47 
 
 
400 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 
436 aa  123  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
308 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.51 
 
 
321 aa  123  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
403 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  31.9 
 
 
334 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.19 
 
 
400 aa  122  4e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  31.43 
 
 
344 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  33.76 
 
 
298 aa  122  8e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  32.64 
 
 
358 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.38 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.77 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  31.88 
 
 
306 aa  120  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  30.43 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
407 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.47 
 
 
306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
405 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  34.62 
 
 
547 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  28.51 
 
 
304 aa  120  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.03 
 
 
402 aa  119  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  31.03 
 
 
402 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
402 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  33.91 
 
 
396 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
360 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0259  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.98 
 
 
290 aa  119  4.9999999999999996e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  32.07 
 
 
362 aa  119  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  31.6 
 
 
226 aa  117  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.03 
 
 
316 aa  117  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  29.74 
 
 
311 aa  116  3e-25  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.51 
 
 
315 aa  116  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.12 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  30.67 
 
 
302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  32.31 
 
 
320 aa  115  6e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.76 
 
 
303 aa  115  6e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.67 
 
 
302 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.54 
 
 
324 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  32.5 
 
 
339 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  29.79 
 
 
323 aa  114  1.0000000000000001e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
525 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  29.8 
 
 
327 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.04 
 
 
391 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  33.06 
 
 
263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  32.05 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  31.12 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  31.2 
 
 
303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  32.48 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  30.2 
 
 
331 aa  113  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  29.39 
 
 
376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  31.12 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.13 
 
 
302 aa  113  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  30.13 
 
 
302 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.13 
 
 
302 aa  113  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  30.13 
 
 
302 aa  113  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.13 
 
 
302 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 
297 aa  113  3e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  31.72 
 
 
321 aa  113  3e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  29.75 
 
 
352 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.13 
 
 
302 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  32.08 
 
 
399 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  30.42 
 
 
327 aa  112  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  32.79 
 
 
255 aa  112  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  30.58 
 
 
322 aa  112  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.13 
 
 
302 aa  112  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  30 
 
 
300 aa  112  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  29.34 
 
 
352 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.65 
 
 
322 aa  112  6e-24  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>