More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MmarC7_0252 on replicon NC_009637
Organism: Methanococcus maripaludis C7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 298 aa  584  1e-166  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  86.53 
 
 		 297 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  83.89 
 
 		 298 aa  497  1e-139  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0337  RluA family pseudouridine synthase  71.13 
 
 		 297 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0186274  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  36.91 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  39.66 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 285 aa  199  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.35 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  38.25 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  35.11 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  35.97 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  35.57 
 
 		 311 aa  175  7e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  35.81 
 
 		 299 aa  175  7e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  33.33 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  35.94 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35.57 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  37.32 
 
 		 319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.31 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.92 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.45 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.48 
 
 		 332 aa  172  5e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.33 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.79 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  31.54 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.06 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.25 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.31 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  34.33 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.01 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  33.11 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.61 
 
 		 334 aa  169  4e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.43 
 
 		 275 aa  169  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0292  pseudouridine synthase, RluA family  36.33 
 
 		 283 aa  169  4e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00001732  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.27 
 
 		 350 aa  169  4e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  35.35 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.43 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.68 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  30.94 
 
 		 345 aa  167  1e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  31.91 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.92 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  35.4 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.04 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  32.21 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  34.04 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.27 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  37.32 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  37.32 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.65 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.57 
 
 		 321 aa  166  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.25 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.64 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.929825  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  33.09 
 
 		 309 aa  165  6.9999999999999995e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.33 
 
 		 296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.25 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  36.3 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  34.65 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  34.25 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  32.33 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.65 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.69 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  35.43 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  33.76 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  34.25 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  33.8 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  33 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.03 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  36.92 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  32.68 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  33.22 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  35.22 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.4 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.04 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  36.04 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.04 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  36.04 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.04 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  34.15 
 
 		 346 aa  162  7e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  34.27 
 
 		 363 aa  162  7e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  30.79 
 
 		 318 aa  162  7e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  34.64 
 
 		 348 aa  162  8.000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  34.89 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.4 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.59 
 
 		 356 aa  161  1e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  35.69 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  36.59 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.69 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  31.47 
 
 		 354 aa  161  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  34.41 
 
 		 347 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  36.3 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>