More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1191 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  100 
 
 		 242 aa  489  1e-137  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  42.47 
 
 		 226 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  48.17 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.54 
 
 		 231 aa  176  3e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  45.41 
 
 		 258 aa  171  9e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  45.12 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 223 aa  169  4e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  39.25 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  42.4 
 
 		 243 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 248 aa  155  7e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  39.67 
 
 		 269 aa  154  1e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  36.77 
 
 		 229 aa  153  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  40.45 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 228 aa  146  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.33 
 
 		 232 aa  145  6e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.97 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 215 aa  136  3.0000000000000003e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  36.23 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.44 
 
 		 318 aa  132  6e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.62 
 
 		 326 aa  128  9.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.62 
 
 		 326 aa  127  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  32.48 
 
 		 306 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  36.48 
 
 		 346 aa  126  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.87 
 
 		 324 aa  126  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.96 
 
 		 391 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.18 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  35.74 
 
 		 378 aa  122  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 395 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  39.32 
 
 		 358 aa  122  7e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.52 
 
 		 395 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.52 
 
 		 395 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 389 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  34.06 
 
 		 306 aa  121  8e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 389 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 389 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 389 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  38.7 
 
 		 407 aa  121  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 352 aa  121  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  36.02 
 
 		 352 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 360 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 223 aa  121  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  38.7 
 
 		 405 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.46 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  36.62 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  33.48 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.26 
 
 		 402 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.32 
 
 		 333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  35.59 
 
 		 352 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  38.26 
 
 		 402 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 402 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  34.01 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 436 aa  119  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  36.62 
 
 		 217 aa  119  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.43 
 
 		 438 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.24 
 
 		 211 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  37.83 
 
 		 400 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.77 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  37.66 
 
 		 315 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  38.7 
 
 		 431 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  36.24 
 
 		 322 aa  119  6e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 398 aa  118  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  38.08 
 
 		 525 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  36.92 
 
 		 223 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  36.92 
 
 		 223 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  36.92 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.65 
 
 		 324 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  37.38 
 
 		 223 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  36.92 
 
 		 223 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  36.09 
 
 		 362 aa  116  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.18 
 
 		 352 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.41 
 
 		 319 aa  116  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  37.62 
 
 		 223 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  36.92 
 
 		 223 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  38.91 
 
 		 370 aa  116  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.93 
 
 		 306 aa  115  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.86 
 
 		 307 aa  115  5e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  36.49 
 
 		 315 aa  115  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.87 
 
 		 301 aa  115  5e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  37.22 
 
 		 339 aa  115  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  31.48 
 
 		 270 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  37.34 
 
 		 370 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.27 
 
 		 322 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.62 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.1 
 
 		 314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  33.62 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.62 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.62 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  34.78 
 
 		 320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.62 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.62 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.78 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.62 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  38.08 
 
 		 370 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  36.92 
 
 		 223 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.18 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  32.22 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>