More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_2431 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  100 
 
 		 223 aa  461  1e-129  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.74 
 
 		 231 aa  295  4e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  57.33 
 
 		 233 aa  258  6e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  51.13 
 
 		 237 aa  218  3.9999999999999997e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 255 aa  204  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  47.11 
 
 		 248 aa  191  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  44.19 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.37 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  43.18 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 229 aa  177  8e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  42.08 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 269 aa  172  3.9999999999999995e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 242 aa  169  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  41.55 
 
 		 237 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  42.65 
 
 		 215 aa  164  1.0000000000000001e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.62 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 228 aa  155  4e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  38.92 
 
 		 223 aa  141  7e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.41 
 
 		 301 aa  121  8e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 330 aa  118  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.89 
 
 		 332 aa  116  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  32.85 
 
 		 327 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.73 
 
 		 330 aa  115  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  35.59 
 
 		 329 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.44 
 
 		 320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  35.59 
 
 		 330 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  37.21 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  31.74 
 
 		 348 aa  113  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.9 
 
 		 326 aa  112  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.63 
 
 		 333 aa  112  6e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  38.6 
 
 		 328 aa  111  8.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.9 
 
 		 318 aa  111  9e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 		 344 aa  111  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  33.18 
 
 		 331 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 		 344 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  32.75 
 
 		 352 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  33.33 
 
 		 324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.71 
 
 		 305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1962  RluA family pseudouridine synthase  33.81 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000134652  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  32.7 
 
 		 303 aa  109  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.84 
 
 		 313 aa  109  3e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 326 aa  109  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  31.13 
 
 		 308 aa  109  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.18 
 
 		 306 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.34 
 
 		 324 aa  108  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.27 
 
 		 327 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  31.62 
 
 		 346 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.27 
 
 		 276 aa  107  1e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  33.18 
 
 		 311 aa  107  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.11 
 
 		 352 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.72 
 
 		 303 aa  107  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.17 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  32.22 
 
 		 342 aa  106  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.02 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  33.62 
 
 		 347 aa  107  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  30.99 
 
 		 315 aa  106  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  32.49 
 
 		 426 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.43 
 
 		 322 aa  106  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  29.41 
 
 		 304 aa  106  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 		 305 aa  106  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.48 
 
 		 346 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  32.24 
 
 		 306 aa  106  3e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  30.56 
 
 		 304 aa  105  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.74 
 
 		 310 aa  105  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 320 aa  105  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  32.34 
 
 		 343 aa  105  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.2 
 
 		 327 aa  105  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  32.48 
 
 		 346 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  30.49 
 
 		 541 aa  105  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  31.88 
 
 		 345 aa  105  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.62 
 
 		 324 aa  105  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.86 
 
 		 458 aa  105  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.18 
 
 		 330 aa  105  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  31.16 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 325 aa  105  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.74 
 
 		 348 aa  105  7e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.09 
 
 		 328 aa  105  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  34.13 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.94 
 
 		 318 aa  104  9e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.75 
 
 		 320 aa  104  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.4 
 
 		 337 aa  104  9e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  33.78 
 
 		 326 aa  104  9e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.8 
 
 		 320 aa  104  9e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  32.17 
 
 		 370 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  31.56 
 
 		 322 aa  103  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  32.2 
 
 		 343 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  33.93 
 
 		 346 aa  104  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  32.31 
 
 		 352 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  32.09 
 
 		 320 aa  103  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  32.18 
 
 		 364 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  33 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  32.86 
 
 		 318 aa  104  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.94 
 
 		 301 aa  104  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.09 
 
 		 326 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  31.88 
 
 		 322 aa  103  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  32.57 
 
 		 310 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 334 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  31.44 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>