More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1041 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  100 
 
 		 237 aa  491  9.999999999999999e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  41.41 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44 
 
 		 231 aa  172  5e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  41.55 
 
 		 223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  37.56 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  34.7 
 
 		 299 aa  121  8e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  34.95 
 
 		 243 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.49 
 
 		 334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  34.3 
 
 		 248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  35.16 
 
 		 356 aa  118  9e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  36.61 
 
 		 269 aa  118  9e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  32.57 
 
 		 229 aa  115  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  33.03 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  32.13 
 
 		 313 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.36 
 
 		 312 aa  111  9e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  30.97 
 
 		 541 aa  111  9e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  32.68 
 
 		 215 aa  111  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  33.62 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30 
 
 		 332 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.22 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.58 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  31.36 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.04 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.8 
 
 		 333 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  34.13 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  32.27 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.88 
 
 		 334 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  33.03 
 
 		 525 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 258 aa  109  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.98 
 
 		 242 aa  109  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  37.25 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  34.72 
 
 		 327 aa  109  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  36.77 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 309 aa  108  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  31.91 
 
 		 305 aa  108  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  30.25 
 
 		 255 aa  108  6e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  32.88 
 
 		 334 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  33.48 
 
 		 309 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  36.77 
 
 		 319 aa  108  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  31.05 
 
 		 306 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0839  pseudouridine synthase, RluA family  31.06 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00962928 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  33.2 
 
 		 341 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  30.18 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.67 
 
 		 352 aa  106  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  33.17 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.67 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  32.26 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.44 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  30.7 
 
 		 223 aa  106  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.98 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  37.44 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  34.42 
 
 		 335 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.42 
 
 		 335 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  34.42 
 
 		 335 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  34.42 
 
 		 335 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.42 
 
 		 477 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  35.56 
 
 		 339 aa  106  3e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  30.21 
 
 		 326 aa  106  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  34.42 
 
 		 335 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  32.26 
 
 		 344 aa  106  3e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  34.78 
 
 		 334 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.48 
 
 		 325 aa  105  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  33.95 
 
 		 335 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  30.8 
 
 		 300 aa  105  5e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  30.87 
 
 		 313 aa  105  5e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.84 
 
 		 309 aa  105  6e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 299 aa  105  6e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  28.25 
 
 		 329 aa  105  7e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.47 
 
 		 323 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  32.04 
 
 		 316 aa  105  8e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  31.12 
 
 		 348 aa  105  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.19 
 
 		 314 aa  105  9e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  34.74 
 
 		 313 aa  104  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  31.62 
 
 		 318 aa  104  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 364 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 353 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.45 
 
 		 325 aa  104  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 407 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.96 
 
 		 403 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  32.48 
 
 		 312 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.56 
 
 		 477 aa  103  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 405 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.34 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  31.14 
 
 		 226 aa  103  3e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.91 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  32.55 
 
 		 360 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.61 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  33.48 
 
 		 547 aa  102  4e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  34.33 
 
 		 242 aa  102  4e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.3 
 
 		 326 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  31.33 
 
 		 351 aa  102  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  31.54 
 
 		 334 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.98 
 
 		 333 aa  102  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>