More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0405 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  100 
 
 		 258 aa  528  1e-149  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  60.96 
 
 		 255 aa  310  2e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  44.19 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  44.59 
 
 		 246 aa  189  2.9999999999999997e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.72 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.12 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  45.23 
 
 		 248 aa  177  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 269 aa  177  2e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  40.45 
 
 		 237 aa  176  4e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  45.41 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  38.99 
 
 		 226 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 229 aa  168  8e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.91 
 
 		 242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 228 aa  160  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 243 aa  157  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  39.72 
 
 		 215 aa  153  2.9999999999999998e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  30.81 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.94 
 
 		 305 aa  116  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  30.66 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.07 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.9 
 
 		 477 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  31.01 
 
 		 346 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.18 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  32.88 
 
 		 344 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 353 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 237 aa  109  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 		 344 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  31.97 
 
 		 352 aa  109  4.0000000000000004e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  32.55 
 
 		 243 aa  108  6e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  32.92 
 
 		 316 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.74 
 
 		 323 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  32.92 
 
 		 334 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  32.92 
 
 		 334 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 316 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.8 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  32.88 
 
 		 331 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  32.7 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 305 aa  106  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.48 
 
 		 326 aa  106  3e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.03 
 
 		 477 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.03 
 
 		 335 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 335 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 335 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 335 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.64 
 
 		 327 aa  105  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 335 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  34.96 
 
 		 346 aa  105  6e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.11 
 
 		 303 aa  105  6e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  32.61 
 
 		 334 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  32.34 
 
 		 341 aa  105  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 335 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  32.39 
 
 		 325 aa  105  7e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.48 
 
 		 326 aa  105  8e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  32 
 
 		 304 aa  105  9e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 352 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.04 
 
 		 334 aa  104  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  32.38 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.25 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.78 
 
 		 320 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1358  pseudouridine synthase, RluA family  35.08 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.364414  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  31.28 
 
 		 320 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 352 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 334 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  32.61 
 
 		 334 aa  103  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.76 
 
 		 338 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  31.98 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  30.73 
 
 		 217 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  33.2 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 352 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  31.08 
 
 		 223 aa  102  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.88 
 
 		 319 aa  102  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  36.77 
 
 		 341 aa  102  6e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.17 
 
 		 356 aa  102  7e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.7 
 
 		 320 aa  102  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.04 
 
 		 352 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.88 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  32.27 
 
 		 330 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3442  RluA family pseudouridine synthase  34.91 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.56048 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  28.96 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  33.64 
 
 		 339 aa  100  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.18 
 
 		 333 aa  100  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.43 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  31.82 
 
 		 329 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.36 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  30.59 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.9 
 
 		 320 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.18 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 329 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  31.75 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  31.53 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  33.96 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  32.03 
 
 		 320 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  32.38 
 
 		 305 aa  99.8  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  34.74 
 
 		 309 aa  99.8  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  29.73 
 
 		 223 aa  99.4  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>