More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2370 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  100 
 
 		 243 aa  496  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1843  pseudouridine synthase  50.85 
 
 		 238 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  48.43 
 
 		 308 aa  221  6e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.09 
 
 		 306 aa  138  7e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  32.29 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  39.25 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  30.67 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 322 aa  132  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.34 
 
 		 320 aa  132  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 316 aa  130  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  36.12 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  35.78 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  34.67 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.36 
 
 		 303 aa  129  3e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.78 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.23 
 
 		 312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  37.16 
 
 		 285 aa  128  7.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  34.32 
 
 		 320 aa  128  8.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  36.24 
 
 		 309 aa  128  8.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.51 
 
 		 296 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  37.04 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  37.09 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0337  RluA family pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0186274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  37.96 
 
 		 217 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.56 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.33 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.94 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.26 
 
 		 300 aa  126  3e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.39 
 
 		 303 aa  126  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.65 
 
 		 305 aa  126  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.47 
 
 		 322 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  34.13 
 
 		 347 aa  125  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.53 
 
 		 300 aa  125  5e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39.04 
 
 		 306 aa  125  6e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.59 
 
 		 324 aa  125  7e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  36.52 
 
 		 326 aa  125  8.000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  36.32 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.53 
 
 		 327 aa  124  9e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.48 
 
 		 319 aa  124  9e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.35 
 
 		 231 aa  125  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.93 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  37.91 
 
 		 215 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.05 
 
 		 326 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.91 
 
 		 215 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  36.2 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  36.56 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  37.91 
 
 		 223 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  37.91 
 
 		 223 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  36.84 
 
 		 215 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  36.2 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  35.24 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.53 
 
 		 275 aa  123  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.47 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  36.74 
 
 		 225 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  36.97 
 
 		 223 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  31.42 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  36.2 
 
 		 225 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  36.2 
 
 		 225 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  32.24 
 
 		 313 aa  123  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.81 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  35.41 
 
 		 211 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  35.89 
 
 		 219 aa  123  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.65 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.81 
 
 		 302 aa  122  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  34.63 
 
 		 347 aa  122  4e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  35.81 
 
 		 302 aa  122  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.81 
 
 		 302 aa  122  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  35.81 
 
 		 302 aa  122  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.81 
 
 		 302 aa  122  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  36.21 
 
 		 331 aa  122  4e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.81 
 
 		 302 aa  122  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  35.41 
 
 		 211 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  32.62 
 
 		 319 aa  122  5e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 332 aa  122  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.48 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.48 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  35.75 
 
 		 225 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  36.68 
 
 		 344 aa  122  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  33.74 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.08 
 
 		 302 aa  121  8e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  36.02 
 
 		 313 aa  122  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 302 aa  121  8e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  35.06 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  33.74 
 
 		 342 aa  120  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 352 aa  121  9.999999999999999e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  37 
 
 		 339 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.4 
 
 		 333 aa  120  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.03 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  35.81 
 
 		 215 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  34.8 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.35 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  32.19 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  35.41 
 
 		 211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  36.19 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>