More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1153 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  100 
 
 		 255 aa  518  1e-146  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  60.96 
 
 		 258 aa  310  2e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 223 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  47.95 
 
 		 246 aa  204  1e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.79 
 
 		 231 aa  188  8e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  41.73 
 
 		 269 aa  186  4e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  46.04 
 
 		 248 aa  184  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.26 
 
 		 232 aa  179  4e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 229 aa  178  7e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  44.19 
 
 		 243 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  42.73 
 
 		 237 aa  176  3e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  45.12 
 
 		 242 aa  170  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.84 
 
 		 242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 233 aa  163  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 215 aa  160  2e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  39.07 
 
 		 228 aa  158  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  34.63 
 
 		 223 aa  138  7.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.76 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.18 
 
 		 326 aa  115  6e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.18 
 
 		 326 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.11 
 
 		 301 aa  112  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.93 
 
 		 324 aa  112  5e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.78 
 
 		 333 aa  111  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.96 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  30.25 
 
 		 237 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.49 
 
 		 303 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  32.51 
 
 		 297 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.56 
 
 		 327 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  34.6 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 353 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  31.19 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.94 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.58 
 
 		 300 aa  106  3e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  33.79 
 
 		 313 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.58 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 299 aa  105  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  36.04 
 
 		 341 aa  105  5e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  32.58 
 
 		 344 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  33.33 
 
 		 331 aa  105  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.61 
 
 		 320 aa  105  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  30.8 
 
 		 246 aa  105  7e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.09 
 
 		 332 aa  105  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  30.45 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  32.89 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.58 
 
 		 477 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  34.81 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.7 
 
 		 323 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  28.51 
 
 		 304 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  31.17 
 
 		 306 aa  104  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.11 
 
 		 320 aa  104  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  32.58 
 
 		 344 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  30.73 
 
 		 308 aa  104  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1111  pseudouridine synthase, RluA family  34.82 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  32.73 
 
 		 307 aa  103  2e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  32.19 
 
 		 346 aa  103  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1962  RluA family pseudouridine synthase  31.93 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000134652  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 302 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  29.06 
 
 		 352 aa  103  2e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  31.74 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1358  pseudouridine synthase, RluA family  33.18 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.364414  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.17 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  29.17 
 
 		 305 aa  102  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  31.78 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  29.17 
 
 		 305 aa  102  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  32.02 
 
 		 376 aa  102  5e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 324 aa  102  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.74 
 
 		 312 aa  102  5e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  34.36 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  31.76 
 
 		 352 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.53 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  30.87 
 
 		 316 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  34.63 
 
 		 334 aa  102  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  30.87 
 
 		 334 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  35.29 
 
 		 339 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.73 
 
 		 319 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  30.87 
 
 		 334 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  32.75 
 
 		 243 aa  102  8e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.96 
 
 		 352 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.63 
 
 		 312 aa  102  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  31.78 
 
 		 328 aa  102  8e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 		 341 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  35.94 
 
 		 298 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0963  pseudouridine synthase  35.45 
 
 		 314 aa  101  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.334173  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 309 aa  102  9e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.11 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.3 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  31.33 
 
 		 352 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  28.27 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  34.04 
 
 		 327 aa  101  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  33.93 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  33.94 
 
 		 339 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.7 
 
 		 477 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  30.7 
 
 		 334 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  31.9 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.78 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  34.84 
 
 		 339 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.84 
 
 		 339 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>